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        癌癥基因組圖譜 繪制癌癥研究課程圖表

        十多年后,癌癥基因組圖譜(TCGA)計(jì)劃即將結(jié)束。由NHGRI和國家癌癥研究所(NCI)發(fā)起和支持的多機(jī)構(gòu)合作,總資金超過3億美元,TCGA在為多種癌癥類型的基因組變化編制目錄方面取得了巨大成功。

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        TCGA從一開始就雄心勃勃,于2005年12月啟動(dòng),作為一項(xiàng)為期三年的試點(diǎn)研究,重點(diǎn)研究三種人類癌癥的基因組變化:腦癌,肺癌和卵巢癌。在成功的試驗(yàn)階段后,TCGA擴(kuò)大了癌癥類型的范圍,目標(biāo)是表征20-25種不同的癌癥類型。然而,該計(jì)劃非常成功,超過了這一目標(biāo),最終分析了33種不同類型癌癥的基因組基礎(chǔ),包括10種罕見的癌癥類型。

        TCGA的成功源于其科學(xué)方法的結(jié)合,其利用了DNA測(cè)序的急劇下降的成本,以及其協(xié)作風(fēng)格,其涉及吸引來自多個(gè)學(xué)科的研究人員。TCGA研究人員在北美的二十多家機(jī)構(gòu)中使用各種技術(shù)分析腫瘤和非腫瘤樣本,包括外顯子組和全基因組測(cè)序,基因表達(dá)譜,拷貝數(shù)變異分析和單核苷酸多態(tài)性基因分型等。來自癌癥患者的樣本由全球的組織來源站點(diǎn)提供。通過這種方式,研究人員不僅尋找使一種細(xì)胞癌變和一種細(xì)胞正常的分子差異,而且還比較和對(duì)比不同的癌癥類型,為科學(xué)界提供了一個(gè)全面的多維地圖,供今后的研究使用。此外,與所有NIH數(shù)據(jù)和資源一樣,TCGA數(shù)據(jù)集(包含超過2 PB的基因組數(shù)據(jù))已公開供全球研究人員使用。NCI基因組數(shù)據(jù)共享。這個(gè)廣泛的數(shù)據(jù)集為研究人員提供了前所未有的理解腫瘤在人類中產(chǎn)生的方式,地點(diǎn)和原因,從而實(shí)現(xiàn)更明智的臨床試驗(yàn)和未來的治療。

        隨著該計(jì)劃的結(jié)束,TCGA聯(lián)盟的研究人員最近發(fā)布了一份名為PanCancer Atlas的頂點(diǎn)分析 - 一系列29篇論文,發(fā)表在一系列Cell Press期刊上,總結(jié)了基于癌癥基因組學(xué)知識(shí)的現(xiàn)狀。關(guān)于TCGA數(shù)據(jù)。PanCancer地圖集分為三個(gè)主要類別,每個(gè)類別都以摘要文件為基礎(chǔ),重點(diǎn)介紹該類別的核心調(diào)查結(jié)果。主要區(qū)域包括起源細(xì)胞,致癌過程和致癌途徑。多篇配套論文報(bào)告了對(duì)這些類別中各個(gè)主題的深入探索??梢栽贑ell的網(wǎng)站上找到PanCancer Atlas論文的全部文章。

        TCGA聯(lián)盟也是國際癌癥基因組學(xué)聯(lián)盟(ICGC)的成員,該聯(lián)盟對(duì)從所有可用腫瘤類型收集的數(shù)據(jù)進(jìn)行了自己的全球分析。ICGC PanCancer全基因組分析(PCAWG)結(jié)合了國際項(xiàng)目的全基因組序列,TCGA數(shù)據(jù)提供了大約一半的數(shù)據(jù)。在國際群體中協(xié)調(diào)數(shù)據(jù)這一具有挑戰(zhàn)性的任務(wù)只有在分析和計(jì)算中迅速掌握生物醫(yī)學(xué)的新范例才是可行的。

        最后,隨著長(zhǎng)達(dá)十年的TCGA工作的結(jié)束,將于2018年9月27日至29日在華盛頓特區(qū)召開為期三天的TCGA遺產(chǎn):癌癥多重癥研究會(huì)。該會(huì)議將重點(diǎn)討論關(guān)于大規(guī)模癌癥研究的未來,將展示癌癥基因組結(jié)構(gòu)特征的最新進(jìn)展以及最近在治療靶向方面取得的進(jìn)展。提交摘要的截止日期為2018年6月15日,可在此處提交。

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