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        ENCODE項(xiàng)目DNA元素的ENCyclopedia
        
			
        
				2018-12-15 15:04:21
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        國(guó)家人類(lèi)基因組研究所(NHGRI)支持名為ENCODE的公共研究聯(lián)盟，即 Enc yclopedia O f D NA E lements，以識(shí)別人類(lèi)和小鼠基因組中的所有功能元件。
        

        ENCODE項(xiàng)目DNA元素的ENCyclopedia
        

        ENCODE已經(jīng)生成了大量數(shù)據(jù)，可以通過(guò)項(xiàng)目的可自由訪(fǎng)問(wèn)的數(shù)據(jù)庫(kù)ENCODE Portal訪(fǎng)問(wèn)。ENCODE“ Encyclopedia ”將這些數(shù)據(jù)組織成兩個(gè)注釋級(jí)別：1)綜合級(jí)注釋?zhuān)ê蜻x順式調(diào)控元素的注冊(cè)表和2)直接從實(shí)驗(yàn)數(shù)據(jù)中獲得的地面注釋。
        

        作為外展和協(xié)作的結(jié)果，ENCODE數(shù)據(jù)被廣泛使用?？梢栽贓NCODE門(mén)戶(hù)上找到使用ENCODE資源的出版物列表。(參見(jiàn)ENCODE資助的出版物和社區(qū)出版物。)ENCODE門(mén)戶(hù)網(wǎng)站還提供來(lái)自modENCODE的數(shù)據(jù)以及來(lái)自RoadMap Epigenomics和Gene Regulation of Gene Regulation項(xiàng)目的數(shù)據(jù)。有關(guān)數(shù)據(jù)標(biāo)準(zhǔn)和指南以及統(tǒng)一數(shù)據(jù)處理的其他信息也可以在ENCODE門(mén)戶(hù)網(wǎng)站上找到。
        

        ENCODE項(xiàng)目于2003年啟動(dòng)，試驗(yàn)階段的重點(diǎn)是人類(lèi)基因組的1%，隨后完成了另外兩個(gè)階段(ENCODE 2和ENCODE 3)，這些階段對(duì)人類(lèi)和小鼠基因組進(jìn)行了全基因組分析。在modENCODE項(xiàng)目下，同時(shí)致力于秀麗隱桿線(xiàn)蟲(chóng)和黑腹果蠅基因組的全基因組分析。鑒于需要采用新的方法，方法和技術(shù)來(lái)實(shí)現(xiàn)ENCODE的目標(biāo)，NHGRI自2003年以來(lái)還資助了四輪技術(shù)開(kāi)發(fā)計(jì)劃。其中一些努力已納入ENCODE數(shù)據(jù)生成和分析的后續(xù)階段。
        

        隨著ENCODE項(xiàng)目這三個(gè)階段的成功以及認(rèn)識(shí)到需要額外的努力來(lái)完成和理解編制的候選監(jiān)管要素目錄，NHGRI于2017年2月資助了ENCODE(ENCODE 4)的第四階段以繼續(xù)并擴(kuò)展它的工作是了解人類(lèi)和小鼠的基因組。
        

        ENCODE 4旨在通過(guò)研究更廣泛多樣的生物樣本(包括與疾病相關(guān)的生物樣本)以及采用以前未在ENCODE中使用的新型分析來(lái)擴(kuò)展人類(lèi)和小鼠基因組中候選調(diào)控元件的目錄。為了最大限度地利用研究社區(qū)對(duì)ENCODE數(shù)據(jù)的訪(fǎng)問(wèn)，所有數(shù)據(jù)都在沒(méi)有受控訪(fǎng)問(wèn)的數(shù)據(jù)庫(kù)中共享。所有新獲得的人類(lèi)生物樣品均同意不受限制的數(shù)據(jù)共享。為了研究ENCODE編制的候選調(diào)控元件的生物學(xué)功能，ENCODE 4中增加了一個(gè)新的功能元素表征組件。
        
			

			
          
        
			
        
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