研究人員確定了數(shù)百種影響腫瘤基因表達的編碼基因之外的突變
科學家首次將位于編碼基因外部的突變與腫瘤基因表達的變化聯(lián)系起來,以幫助開發(fā)未來的診斷和治療策略。
癌癥由于不受控制的細胞生長和分裂而發(fā)展,最終導致癌細胞在體內(nèi)的轉(zhuǎn)移擴散,從而引起大器官功能障礙。
開拓性研究表明,向癌細胞的轉(zhuǎn)化是由細胞DNA中突變的積累驅(qū)動的。
研究人員闡明了基因中特定突變的影響,并發(fā)現(xiàn)這些突變在癌癥的特征中起著不可或缺的作用。這項研究導致了當今臨床上許多成功的治療方法的開發(fā)。
但是,在癌細胞中發(fā)現(xiàn)的絕大多數(shù)突變都在基因之外的DNA序列中找到,這些序列稱為非編碼區(qū)。這些突變對詢問具有更強的抵抗力。
來自加州大學圣地亞哥分校的研究人員在非編碼區(qū)鑒定出數(shù)百種突變,這些突變直接調(diào)節(jié)與癌癥有關(guān)的基因的表達。他們的工作發(fā)表在《自然遺傳學》雜志上。
“大多數(shù)癌癥相關(guān)的突變發(fā)生在基因的基因組以外的地區(qū),但也有如此令人難以置信的許多人說,很難知道這實際上是相關(guān)的,這僅僅是噪音,說:”資深作者特雷·艾迪克博士,教授摩爾癌癥中心和加州大學圣地亞哥分校醫(yī)學院。
人們已經(jīng)嘗試使用The Cancer Genome Atlas(TCGA)來理解非編碼突變的影響,TCGA是NIH建立的來自正常組織和腫瘤的基因組測序數(shù)據(jù)存儲庫。但是,這些努力僅確定了一種相關(guān)的非編碼突變。
愛德克和他的合作者成功地利用了TCGA數(shù)據(jù),增加了額外的分析層,而其他人則無法做到。
艾德克說:“秘訣在于尋找基因表達的變化。”
他補充說:“這是我們首次在癌癥中起作用的非編碼DNA中發(fā)現(xiàn)了約200個突變,這比我們以前知道的多199個。”
該團隊通過對這些功能性非編碼突變對癌細胞系的影響進行建模,驗證了他們的發(fā)現(xiàn)。
他們發(fā)現(xiàn),這些突變直接影響著驅(qū)動癌癥特征的基因的表達,包括腫瘤細胞的入侵。
艾德克(Ideker)實驗室的博士后研究員,第一作者魏章說:“一個突出的例子是影響DAAM1基因的非編碼突變。”
“ DAAM1的激活使腫瘤細胞更具侵略性,并且能夠更好地侵襲周圍組織。”
他們的工作可能有助于開發(fā)新穎的診斷和治療策略,這些策略依賴于確定患者腫瘤中的功能突變。
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