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        新試劑盒可幫助研究人員了解質(zhì)譜細(xì)胞計(jì)數(shù)據(jù)集以發(fā)現(xiàn)細(xì)胞亞群
        
			
        
				2019-01-03 15:49:17
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        新的軟件包可以更容易地分析和解釋使用質(zhì)譜法的實(shí)驗(yàn)，這是一種確定細(xì)胞特性的復(fù)雜方法。這種名為cytofkit的工具使科學(xué)家能夠識別免疫細(xì)胞，癌細(xì)胞或其他組織類型樣本中不同的細(xì)胞亞群。流式細(xì)胞術(shù)仍然是需要單細(xì)胞分辨率的生物學(xué)研究的首選方法。但是，由于該技術(shù)依賴熒光標(biāo)簽來檢測細(xì)胞內(nèi)的不同標(biāo)記，因此在光信號開始相互滲透之前，只能應(yīng)用有限數(shù)量的標(biāo)記。
        

        新試劑盒可幫助研究人員了解質(zhì)譜細(xì)胞計(jì)數(shù)據(jù)集以發(fā)現(xiàn)細(xì)胞亞群
        

        質(zhì)量細(xì)胞計(jì)數(shù)有助于解決這個問題。通過使用金屬標(biāo)記，該技術(shù)使科學(xué)家能夠在單個細(xì)胞內(nèi)同時測量更多特征。但是，對其生成的所有數(shù)據(jù)進(jìn)行分類可能具有挑戰(zhàn)性，大多數(shù)研究人員認(rèn)為需要更好的分析工具。
        

        Jinmyo Chen和她在A * STAR新加坡免疫網(wǎng)絡(luò)的同事根據(jù)這一需求制作了cytofkit。該軟件包結(jié)合了最先進(jìn)的生物信息學(xué)方法和內(nèi)部新穎算法，幫助任何人理解質(zhì)譜細(xì)胞數(shù)據(jù)。“它提供了一個非常用戶友好的圖形界面和分析結(jié)果的交互式可視化，”陳說。“任何人，包括基因科學(xué)家和非生物信息學(xué)家，都可以在沒有任何培訓(xùn)的情況下使用它。”
        

        該軟件包括四個主要步驟：首先，cytofkit根據(jù)用戶的規(guī)范進(jìn)行數(shù)據(jù)預(yù)處理; 第二，軟件自動識別不同的細(xì)胞匹配子集; 第三，它允許用顏色標(biāo)記的細(xì)胞類型可視化數(shù)據(jù); 最后，它推斷出細(xì)胞群之間的相關(guān)性。
        

        Chen的團(tuán)隊(duì)測試了該工具在從白細(xì)胞樣本中收集的質(zhì)譜結(jié)果的性能。正如他們在PLOS計(jì)算生物學(xué)中所報(bào)告的那樣，該軟件正確地識別了已知的細(xì)胞亞群，并進(jìn)一步分離了這些子集以揭示其他細(xì)胞類型。與A * STAR免疫學(xué)家Evan Newell合作，研究人員還發(fā)現(xiàn)cytofkit揭示了許多類型的血液和扁桃體濾泡輔助T 細(xì)胞。此外，Chen說，“我們已經(jīng)在本文未提及的大量其他數(shù)據(jù)集上測試了cytofkit的效用。”
        

        Cytofkit也越來越受到全世界科學(xué)家的歡迎。“它現(xiàn)在有超過4,000名用戶，”陳說。她的實(shí)驗(yàn)室繼續(xù)改進(jìn)和升級工具以響應(yīng)用戶反饋。
        

        該軟件同時適用于流動和質(zhì)譜數(shù)據(jù)集，可通過生物學(xué)家的開源軟件框架Bioconductor免費(fèi)獲得。在這里能找到它。
        
			

			
          
        
			
        
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