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        生物基因信息學相關(guān)的網(wǎng)站有哪些?比較權(quán)威好用的網(wǎng)站推薦
        
			
        
				2020-03-13 09:39:10
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			  來源：百度百科
			
        
		
        
				
		
        
			
        生物基因信息學相關(guān)的網(wǎng)站有哪些?比較權(quán)威好用的網(wǎng)站推薦。一起來看看都有哪些吧!
        

        生物信息學高度依賴于網(wǎng)絡(luò)。實際上，你需要的幾乎所有資源，都可以從網(wǎng)上下到。你需要關(guān)注你研究領(lǐng)域所需要的那些，而不是全部的資源。
        

        NCBI：持有INSDC的節(jié)點。網(wǎng)站上有核酸、蛋白、基因名、基因組名等等的搜索工具，以及BLAST序列比對搜索工具，PUBMED文獻數(shù)據(jù)庫，Taxonomy數(shù)據(jù)，COG蛋白家族庫等等。FTP可以下到它全部的數(shù)據(jù)庫，BLAST的單機程序，以及各種工具程序。
        

        EBI：和NCBI類似，歐洲搞的對等物。感覺EBI網(wǎng)站比NCBI要清楚簡潔。另外EBI網(wǎng)站整合了更多的工具，比如多序列比對。
        

        Uniprot：全蛋白庫。NCBI和EBI的蛋白庫來源于此。目前包括兩部分：SwissProt是人工校對過的，TrEMBL是自動校對的。
        

        Pfam：蛋白家族庫?？梢允褂门涮椎腍MMER進行搜索。比BLAST能找到更遠緣的東西，而且找到的東西是結(jié)構(gòu)域。
        

        Rfam：RNA的，類似Pfam。
        

        RDP：16S rRNA庫。除了序列，它還有一個基于K-mer naive Bayesian model的rdp classifier，可以對輸入序列進行物種分類，效率和準確性較直接使用BLAST更高。
        

        GreenGenes：也是16S庫，不過它只收集比較全的序列。它提供了一個16S的標準化比對，并基于這個東西搞了個物種分類工具。
        

        EMBOSS：一個工具包，提供了幾百個進行序列操作的工具。
        

        BioPerl、BioPython：Perl和Python的生物學模塊。
        

        R：類似matlab的語言，有一大堆的生物學包。
        

        SOAP：華大基因搞的高通量測序工具包，有de-novo拼接的，有mapping的，還有一些后續(xù)分析的。
        

        bowtie：一個用于序列mapping的軟件。
        

        samtools：用于操縱、分析高通量序列mapping的結(jié)果。功能非常靈活，但有點復雜。
        

        fastx toolkit：用來操縱高通量測序序列的工具包。
        

        

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