蛋白質(zhì)序列比對(duì)中的順序是否重要

如果您執(zhí)行添加的順序很重要，并且'2 + 3 + 4'的總和給出了'4 + 3 + 2'總和的不同答案怎么辦?各地的會(huì)計(jì)師都會(huì)因?yàn)樗麄兊臅辉倨胶舛奁?。您可能?huì)發(fā)現(xiàn)自己在超市停下來，想知道您是否可以通過在牙膏前購(gòu)買牛奶來省錢。歐洲電視網(wǎng)的球迷可能會(huì)在投票后的早些時(shí)候重視“投球積分”。

幸運(yùn)的是，沒有新的證據(jù)表明訂單是重要的。然而，UCD的研究人員最近發(fā)現(xiàn)，順序?qū)τ谛蛄斜葘?duì)來說是一個(gè)令人驚訝的數(shù)量，這是現(xiàn)代遺傳分析的重要組成部分。序列比對(duì)用于理解在不同物種中發(fā)現(xiàn)的蛋白質(zhì)之間的相似性和差異。蛋白質(zhì)是生命的基石，在細(xì)胞中發(fā)揮著大部分功能。因此，了解蛋白質(zhì)及其功能是生物學(xué)的關(guān)鍵部分。

我們可以使用成對(duì)序列比對(duì)來確定特定蛋白質(zhì)的哪一部分在一對(duì)物種(例如人類和黑猩猩)之間是相同的。使用多序列比對(duì)，我們可以識(shí)別在所有哺乳動(dòng)物或甚至更大的物種組中保守的蛋白質(zhì)部分。

非常大的序列比對(duì)有助于我們了解蛋白質(zhì)的哪些部分是重要的; 如果蛋白質(zhì)的一部分在所有哺乳動(dòng)物中是相同的那么它可能是重要的，并且還使我們對(duì)蛋白質(zhì)的三維結(jié)構(gòu)有一些了解(因?yàn)樵?D空間中靠近在一起的蛋白質(zhì)的部分傾向于在物種間一起變化)。

愛爾蘭UCD康威研究所和系統(tǒng)生物學(xué)博士生Kieran Boyce，F(xiàn)abian Sieviers博士和Des Higgins教授發(fā)現(xiàn)，對(duì)于大蛋白質(zhì)序列比對(duì)，序列比較的順序很重要，即從序列比對(duì)程序中得到的比對(duì)取決于您將序列輸入程序的順序。

這一發(fā)現(xiàn)令人驚訝，因?yàn)槿藗円呀?jīng)進(jìn)行了數(shù)十年的序列比對(duì)，卻不知道結(jié)果對(duì)輸入順序的依賴程度。這很重要，因?yàn)樗砻鞔蠖鄶?shù)利用大型多序列比對(duì)的科學(xué)出版物可能沒有提供足夠的信息來重現(xiàn)其結(jié)果。

再現(xiàn)性是科學(xué)的重要組成部分。因此，在進(jìn)行序列比對(duì)時(shí)，大多數(shù)科學(xué)家將提供序列比對(duì)程序及其使用的設(shè)置的詳細(xì)信息。Boyce等人的研究結(jié)果表明，順序也是一個(gè)重要的設(shè)置，可能需要從現(xiàn)在開始提供。本文留下的問題是我們?nèi)绾问剐蛄斜葘?duì)程序忽略順序，或者我們?nèi)绾芜x擇最佳可能的順序。

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