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        生物學(xué)中高分辨率3 D細胞成像技術(shù)的快速發(fā)展需要數(shù)據(jù)解決方案
        
			
        
				2019-01-26 10:40:13
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        隨著生物成像革命為科學(xué)家們提供了關(guān)于細胞內(nèi)部運作的更詳細的觀點，人們越來越需要公共基礎(chǔ)設(shè)施來存儲，共享和鏈接使用高分辨率成像技術(shù)生成的大量數(shù)據(jù)集。歐洲生物信息學(xué)研究所(EMBL-EBI)補充了歐洲生物信息學(xué)等大規(guī)模EMBL主導(dǎo)的政府間舉措，擴展了其EMPIAR數(shù)據(jù)服務(wù)，以適應(yīng)新的高分辨率成像模式，如掃描電子顯微鏡(SEM)。今天發(fā)表在“ 自然方法”上的一篇信函介紹了該資源，并展示了未來的發(fā)展。
        

        生物學(xué)中高分辨率3 D細胞成像技術(shù)的快速發(fā)展需要數(shù)據(jù)解決方案
        

        EMPIAR是EMBL-EBI用于原始2D圖像的全球公共數(shù)據(jù)資源，為開發(fā)數(shù)據(jù)處理，解釋和驗證的新方法提供了寶貴的數(shù)據(jù) - 所有這些都是存檔和質(zhì)量控制的基本活動。“EMPIAR中存檔的原始圖像數(shù)據(jù)對于許多事情非常有用，包括公開提供與有爭議研究相關(guān)的原始數(shù)據(jù)，”EMBL-EBI分子和細胞結(jié)構(gòu)服務(wù)主管Gerard Kleywegt解釋道。
        

        EMPIAR是EMBL-EBI的電子顯微鏡數(shù)據(jù)庫(EMDB)的一部分，旨在處理非常大的數(shù)據(jù)集：平均入口約為700千兆字節(jié)，最大入口超過6太字節(jié)。最近的數(shù)據(jù)集包括四個相關(guān)的3D SEM條目，顯示瘧疾寄生蟲感染紅細胞的不同階段。EMPIAR是目前存檔這些數(shù)據(jù)并將其提供給其他科學(xué)家的唯一方法。
        

        “EMPIAR允許我們共享大型原始數(shù)據(jù)集，”EMBL的John Briggs說，他的團隊開發(fā)并應(yīng)用先進的低溫電子顯微鏡技術(shù)研究HIV等包膜病毒。“這些可以被其他實驗室看到，這些實驗室可能對數(shù)據(jù)的其他方面感興趣，或者用于測試或比較新的圖像分析管道。”
        

        “EMPIAR是一個非常及時的，社區(qū)驅(qū)動的歸檔計劃的典范，完全符合我們提供支持生命科學(xué)發(fā)現(xiàn)的服務(wù)的使命，”EMBL總干事Iain Mattaj說。“它支持尖端的成像方法，例如EMBL開發(fā)的那些方法，為數(shù)據(jù)提供一個家，并允許社區(qū)改進他們的解釋。這使我們能夠越來越精確地了解生命過程。”
        

        EMPIAR團隊正在研究適應(yīng)其他成像模式的方法，例如軟X射線斷層掃描 - 橋接光學(xué)顯微鏡和電子斷層掃描之間的尺度和分辨率差距 - 以及相關(guān)光和電子顯微鏡(CLEM)。
        

        “在CLEM中，研究人員使用熒光標記檢測細胞中的有趣事件，然后使用高分辨率EM仔細觀察，”EMBL-EBI蛋白質(zhì)數(shù)據(jù)庫歐洲團隊協(xié)調(diào)員Ardan Patwardhan說。“我們正在與該領(lǐng)域的先驅(qū)者合作，尋找存儲和關(guān)聯(lián)這些數(shù)據(jù)類型的最佳方式，這將為研究提供非常強大的工具。”
        
			

			
          
        
			
        
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