這種GIF存儲在細(xì)菌的DNA中
DNA是一種非常有前途的存儲數(shù)據(jù)的媒介??紤]到細(xì)胞核可以保持與人類一樣復(fù)雜的生物體的指令。到目前為止,已經(jīng)在試管中進(jìn)行了將非遺傳數(shù)據(jù)存儲在DNA中的努力,但現(xiàn)在科學(xué)家已經(jīng)將GIF編碼到活細(xì)菌的基因組中。
來自哈佛大學(xué)的科學(xué)家使用CRISPR基因組編輯工具存儲手的圖片和運(yùn)行馬的動(dòng)畫,改編自Eadweard Muybridge在大腸桿菌細(xì)菌基因組中的1878年攝影研究人類和動(dòng)物運(yùn)動(dòng)。
更重要的是,他們能夠通過對細(xì)菌基因組進(jìn)行測序,以90%的準(zhǔn)確度完美地檢索手的圖像和GIF。他們的研究結(jié)果發(fā)表在周三的“自然”雜志上。
由于DNA具有令人難以置信的緊湊性和長保質(zhì)期,因此在DNA中存儲非常規(guī)數(shù)據(jù)的努力已持續(xù)多年。妥善存儲,可以保持?jǐn)?shù)據(jù)完整至少10萬年。就在幾個(gè)月前,微軟表示計(jì)劃在本世紀(jì)末將DNA存儲系統(tǒng)納入其中一個(gè)數(shù)據(jù)中心。
然而,通常,這是通過將編碼書籍,圖像或錄音的比特翻譯成DNA序列然后人工合成它們來完成的。通過使用CRISPR,由著名遺傳學(xué)家喬治·丘奇領(lǐng)導(dǎo)的哈佛團(tuán)隊(duì)能夠劫持大腸桿菌的基因組來存儲信息。
CRISPR系統(tǒng)實(shí)際上是一種天然防御機(jī)制,細(xì)菌通過記錄攻擊者DNA在細(xì)菌基因組中的片段來發(fā)揮對入侵病毒的免疫力。然后,這些片段用于指導(dǎo)Cas9酶在下次病毒攻擊時(shí)發(fā)現(xiàn)并破壞侵入性DNA。
CRISPR / Cas9系統(tǒng)已被科學(xué)家重新設(shè)計(jì),通過重新設(shè)計(jì)來編輯基因組,從而在特定位置切割DNA序列。然后,這允許他們移除現(xiàn)有基因或添加新基因。
然而,在這項(xiàng)新的研究中,研究人員重新設(shè)計(jì)了一些鮮為人知的Cas1和Cas2蛋白,這些蛋白負(fù)責(zé)將病毒DNA插入細(xì)菌的基因組中。“我們發(fā)現(xiàn),如果我們提供的序列看起來就像系統(tǒng)通常從病毒中獲取的那樣,那就需要我們給予的東西,”哈佛大學(xué)研究合作者,神經(jīng)科學(xué)研究員Seth Shipman告訴The Verge。
重要的是,Cas1和Cas2按照它們到達(dá)的順序插入新的DNA片段,這使研究人員能夠?qū)?dòng)畫進(jìn)行編碼。這些數(shù)據(jù)實(shí)際上是在600,000個(gè)單元格中編碼的,以幫助提高準(zhǔn)確性,因?yàn)檫@個(gè)過程并不精確,但現(xiàn)代的測序工具意味著它可以非??焖俚貦z索數(shù)據(jù)。
存儲在單元中的數(shù)據(jù)量遠(yuǎn)小于合成路徑所獲得的數(shù)據(jù)量。去年,微軟和華盛頓大學(xué)的研究人員在比鉛筆尖小的DNA涂片中存儲了200兆字節(jié)的數(shù)據(jù)。
這意味著該方法不太可能取代合成的DNA用于那種引起IT公司興趣的長期數(shù)據(jù)存儲。但是,將數(shù)據(jù)直接記錄到細(xì)胞基因組中的能力確實(shí)開辟了許多新的潛在應(yīng)用。
研究人員最感興趣的是將細(xì)胞轉(zhuǎn)變?yōu)橛涗浽O(shè)備的前景,這些記錄設(shè)備可以跟蹤其內(nèi)部工作和環(huán)境隨時(shí)間的變化。他們認(rèn)為這可以幫助我們理解控制神經(jīng)元如何隨時(shí)間轉(zhuǎn)變?yōu)樘鼗?xì)胞或幫助追蹤哪些神經(jīng)元相互交談的發(fā)育過程。
教會告訴紐約時(shí)報(bào),未來還有可能有效地為人體內(nèi)的細(xì)胞創(chuàng)造“黑匣子”??梢灾圃旒?xì)菌來記錄細(xì)胞隨時(shí)間的活動(dòng),當(dāng)有人生病時(shí),醫(yī)生可以提取細(xì)菌并對其DNA進(jìn)行測序以進(jìn)行回放。
也有可能想象這種方法對于合成生物學(xué)家來說是一種有用的新工具,他們已經(jīng)使用基因電路在細(xì)胞內(nèi)構(gòu)建微型計(jì)算機(jī),通過提供一種記憶形式來執(zhí)行邏輯功能。
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