NIH臨床研究人員將在未來十年內(nèi)在許多臨床研究領(lǐng)域使用基因組數(shù)據(jù)，美國(guó)國(guó)立衛(wèi)生研究院(NIH)內(nèi)部研究副主任Michael M. Gottesman博士表示。為了實(shí)現(xiàn)這一目標(biāo)，他正在支持一項(xiàng)名為臨床中心基因組學(xué)機(jī)會(huì)(CCGO)的為期兩年的新計(jì)劃。

“我們正試圖啟動(dòng)基因組醫(yī)學(xué)，”Gottesman博士說。“我們首先需要建立一個(gè)臨床基因組測(cè)序基礎(chǔ)設(shè)施，供研究人員在NIH臨床中心的項(xiàng)目中使用。”

CCGO計(jì)劃將承?？偣?,000個(gè)外顯子組的DNA測(cè)序和分析，這些外顯子組是功能上重要的1-2%的個(gè)體基因組編碼蛋白質(zhì)。到目前為止，NIH校內(nèi)計(jì)劃中只有少數(shù)臨床研究項(xiàng)目包括外顯子組測(cè)序。相反，他們依賴于臨床可觀察或表型信息以及特定候選基因的靶向測(cè)序，這些基因通常由該表型信息提示。

“這就好像我們錯(cuò)過了一個(gè)完整的維度，就像生活在平坦的土地上，并希望第三個(gè)維度能夠駕馭你正在研究的疾病的景觀，”Gottesman博士說。他認(rèn)為，可觀察和基因組數(shù)據(jù)的結(jié)合對(duì)于了解人類健康和改善疾病的預(yù)防，診斷和治療非常有價(jià)值。

NIH以其杰出的臨床設(shè)施而聞名，科學(xué)家們研究了大約600種不同的疾病。通過增加CCGO計(jì)劃，這些設(shè)施將變得更好。該項(xiàng)目將于今年夏天開始，將由審查委員會(huì)選擇的項(xiàng)目開始，這些項(xiàng)目將充分利用NIH臨床中心的表型資源 - 成像，詳細(xì)記錄患者的生理變化以及疾病的醫(yī)療后果注釋。成功申請(qǐng)者將獲得50-300個(gè)源自患者樣本的外顯子組序列。樣本將在NIH臨床中心收集，并在NIH Intramural Sequencing Center進(jìn)行測(cè)序，該中心是由國(guó)家人類基因組研究所(NHGRI)運(yùn)營(yíng)的高通量新一代測(cè)序?qū)Ｓ迷O(shè)施。

“該倡議將幫助研究人員利用基因組技術(shù)和開發(fā)能力來處理來自臨床研究患者的基因組數(shù)據(jù)，”NHGRI醫(yī)學(xué)基因組學(xué)和代謝遺傳學(xué)分會(huì)主任，NHGRI校內(nèi)研究計(jì)劃和早期采用者Leslie Biesecker博士說。美國(guó)國(guó)立衛(wèi)生研究院臨床基因組學(xué)研究。“NIH研究人員將推進(jìn)他們自己的研究，CCGO將開發(fā)臨床中心內(nèi)的基礎(chǔ)設(shè)施和管道，以開始在臨床環(huán)境中管理基因組數(shù)據(jù)。”

“我們正在努力建立基礎(chǔ)設(shè)施并將基因組方法應(yīng)用于許多不同的臨床研究挑戰(zhàn)，”NHGRI科學(xué)主任Daniel Kastner博士說。“CCGO是為這條管道奠定基礎(chǔ)的一種方式。”

由Drs提議。新項(xiàng)目Biesecker和Kastner得到了美國(guó)國(guó)立衛(wèi)生研究院內(nèi)部研究副主任和NIH臨床中心的熱情支持。

美國(guó)國(guó)立衛(wèi)生研究院臨床中心主任John I. Gallin博士說：“美國(guó)國(guó)立衛(wèi)生研究院臨床中心是世界上對(duì)疾病表型和罕見和罕見疾病的自然病史進(jìn)行詳細(xì)描述的最佳地點(diǎn)。”該計(jì)劃將利用基因組學(xué)來幫助我們解決其他不可解決的問題，并在更短的時(shí)間內(nèi)得到答案。這是一個(gè)巨大的資源協(xié)同作用和一個(gè)重要的項(xiàng)目，將轉(zhuǎn)變我們對(duì)疾病預(yù)防的重視。“

“毫無疑問，外顯子組和基因組可用于找出許多不同類型疾病的遺傳原因，”Biesecker博士說。“我們也知道基因組數(shù)據(jù)可用于增強(qiáng)醫(yī)療保健，我們想弄清楚如何充分利用這些數(shù)據(jù)。”

在美國(guó)國(guó)立衛(wèi)生研究院，許多試點(diǎn)項(xiàng)目為研究人員提供了對(duì)臨床基因組學(xué)的機(jī)遇和挑戰(zhàn)的見解。例如，Biesecker博士在ClinSeq®中使用外顯子組測(cè)序，該研究將個(gè)體的外顯子組和基因組數(shù)據(jù)與其家族健康史進(jìn)行比較。ClinSeq研究于2007年啟動(dòng)，可以擴(kuò)展以探索各種疾病的分子基礎(chǔ)。同樣的，

雖然NIH的校內(nèi)研究人員使用各種基因組技術(shù)，但并非所有想要訪問基因組工具或基礎(chǔ)設(shè)施的人都有機(jī)會(huì)預(yù)算使用這些工具。CCGO將改變這一點(diǎn)。它將邀請(qǐng)參加NIH臨床中心的研究所的主要研究人員申請(qǐng)，他們具有遺傳學(xué)知識(shí)，但目前沒有臨床基因組學(xué)的主要研究項(xiàng)目。

通過CCGO進(jìn)行的外顯子組測(cè)序的成本將由NIH校內(nèi)研究辦公室管理的挑戰(zhàn)創(chuàng)新獎(jiǎng)計(jì)劃的資金組合抵消，NIH校內(nèi)測(cè)序中心的排序折扣，NHGRI對(duì)偶然發(fā)現(xiàn)分析的臨床支持和咨詢和NIH臨床中心樣品處理和信息學(xué)。CCGO還將利用參與機(jī)構(gòu)內(nèi)的臨床，科學(xué)和生物信息學(xué)資源。

就其本身而言，NIH校內(nèi)測(cè)序中心(NISC)將根據(jù)聯(lián)邦臨床實(shí)驗(yàn)室改進(jìn)修正案(CLIA)尋求其實(shí)驗(yàn)室程序的認(rèn)證，該修正案為實(shí)驗(yàn)室過程設(shè)定質(zhì)量標(biāo)準(zhǔn)，從而產(chǎn)生返回給患者的結(jié)果。此外，NISC人員將幫助校內(nèi)研究人員準(zhǔn)備數(shù)據(jù)文件以提交至基因型和表型數(shù)據(jù)庫，或dbGaP，其存儲(chǔ)和管理對(duì)醫(yī)學(xué)研究數(shù)據(jù)的訪問。

“NISC的貢獻(xiàn)是我們的實(shí)驗(yàn)室人才，測(cè)序機(jī)器時(shí)間，計(jì)算分析以及我們多年來對(duì)外顯子組數(shù)據(jù)的基因組學(xué)專業(yè)知識(shí)，”NISC 癌癥遺傳學(xué)和比較基因組研究員兼副研究員Jim Mullikin博士說。NHGRI內(nèi)部研究計(jì)劃的分支。“我們很高興能夠擴(kuò)大NIH對(duì)基因組測(cè)序和分析的訪問。這就是醫(yī)療保健的方式，NHGRI應(yīng)該繼續(xù)處于這項(xiàng)研究的最前沿。”

Mullikin博士描述了與測(cè)序相關(guān)的成本急劇下降 - 從五年前的每個(gè)外顯子組10,000美元到三年前NISC開始提供外顯子組測(cè)序時(shí)的3,000美元。目前的成本為600美元，僅包括用于DNA測(cè)序的化學(xué)試劑的成本。NHGRI正在捐贈(zèng)基礎(chǔ)設(shè)施和員工排序的其他費(fèi)用。美國(guó)只有少數(shù)幾家醫(yī)院系統(tǒng)開始在臨床護(hù)理中使用基因組測(cè)序。NIH臨床研究人員將成為臨床基因組學(xué)的先鋒。

“我們希望臨床中心處于個(gè)性化基因組醫(yī)學(xué)的最前沿，”Biesecker博士說。“使用外顯子組數(shù)據(jù)是在這一領(lǐng)域獲得發(fā)展并開發(fā)這些能力的方法。然后臨床中心的基因組醫(yī)學(xué)實(shí)踐可以隨著時(shí)間的推移而發(fā)展，這樣它對(duì)于研究人員和患者來說變得更加普遍和更有用。 “。

“在未來的某個(gè)時(shí)候，我想我們將對(duì)所有人進(jìn)行測(cè)序 - 可能是完整的全基因組測(cè)序，”Gottesman博士說。“但我們需要從這里學(xué)到很多東西。”