噬菌體是具有雙鏈DNA基因組的小型病毒
噬菌體是具有雙鏈DNA基因組的小型病毒,與巨型病毒共同感染真核細胞。幾乎所有已知的噬菌體基因組僅共享四個共同的基因:主要和次要衣殼蛋白(分別為MCP和mCP),參與DNA包裝的ATPase和參與衣殼成熟的半胱氨酸蛋白酶PRO。
美國能源部(DOE)聯合基因組研究所(JGI),美國能源部科學辦公室的研究人員最近在微生物組中進行了報道,他們通過計算方法將已知的高質量噬菌體基因組序列的數量增加了10倍。通過在JGI的整合微生物基因組和微生物組(IMG / M)數據套件(包括IMG / VR(用于病毒)中)中提取超過14,000個公共宏基因組數據集,以用于噬菌體標記基因MCP,他們能夠識別出44,221個總噬菌體部分序列,包括超過28,000個唯一的MCP序列。
進一步的分析導致鑒定了包含所有四個核心基因的328個“高質量”(基于完整性)多樣化的新病毒噬菌體基因組。這些噬菌體存在于不同的生境中,包括空氣,植物根際,廢水,甚至是動物和人類(首次)腸道,并且在分類學上分為27個不同的進化枝(其中17個沒有先前已知的代表)。其中,有89個重疊群被認為是完整的基因組,它們的發(fā)現將可能的噬菌體基因組大小范圍從13.8-29.3千堿基(Kb)擴展到10.9-42.3 Kb。此外,基因計數也從13-25上升到12-39。研究小組總結說:“總體而言,我們對病毒體的多樣性,分布和進化進行了全球分析。”
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