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        Phospho-RNA-seq可以獲得mRNA和lncRNA片段
        
			
        
				2019-05-05 09:53:16
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        根據(jù)密歇根大學(xué)羅杰爾癌癥中心研究人員今天在EMBO雜志上發(fā)表的一篇論文，Phospho-RNA-seq是一種新的RNA測序方法，揭示了血漿中數(shù)千種以前難以接近的RNA片段。
        

        Phospho-RNA-seq可以獲得mRNA和lncRNA片段
        

        “我們相信有各種各樣的潛在臨床應(yīng)用，”該論文的高級作者，醫(yī)學(xué)博士Muneesh Tewari說。“例如，在癌癥方面，我們很高興應(yīng)用這種方法試圖檢測免疫療法中自身免疫副作用的最早跡象。還有可能早期發(fā)現(xiàn)癌癥，因為有很長的非編碼RNA是公平的特定于某些癌癥類型。“
        

        Tewari已經(jīng)在這個問題上工作了十多年。2008年，他發(fā)表了一篇論文，描述了檢測血漿中腫瘤微小RNA的突破。然而，該方法的缺點是它無法檢測到更常見和器官特異性類型的RNA，這些RNA通常以片段形式存在。
        

        “我們必須弄清楚如何將信號與噪音分離 - 如何從細(xì)菌和病毒RNA以及我們自己的基因組中去除不相關(guān)的遺傳物質(zhì)，這會給數(shù)據(jù)增加噪音，”Ryan Spengler博士說。一位領(lǐng)導(dǎo)數(shù)據(jù)分析的博士后研究員。“當(dāng)序列非常短時，它們可能偶然匹配人類基因組中的多個位置，很難說它們真正來自哪個基因。”“這項新研究的真正創(chuàng)新是認(rèn)識到這些其他類型的RNA被遺漏，因為它們具有簡單但關(guān)鍵的差異，使它們無法出現(xiàn)在血漿測序結(jié)果中，”Tewari解釋說。“我們使用酶來定制這些片段的末端，以便它們在測序中顯示出來。而這個相對簡單的步驟顯示，是的，血液中有數(shù)千個這些額外的基因轉(zhuǎn)錄物。”該難題的第二個關(guān)鍵部分是開發(fā)一種方法，可以對大量的測序數(shù)據(jù)進(jìn)行可靠的分類，以濾除誤報并確保準(zhǔn)確的結(jié)果。
        

        這種新方法稱為磷酸-RNA-seq，因為片段末端的定制方式。它首先在使用精選RNA的實驗中得到驗證，因此科學(xué)家們提前知道準(zhǔn)確的結(jié)果應(yīng)該是什么樣子。然后，為了證明它可以在真實環(huán)境中工作，該方法在每周從兩名在UM進(jìn)行骨髓移植的患者收集的血漿樣品上進(jìn)行測試。
        

        “我們可以追蹤移植后骨髓重建的標(biāo)志，以及指示肝臟損傷的血漿RNA變化 - 這與我們所知道的醫(yī)療記錄結(jié)果一致，”Tewari說。
        
			

			
          
        
			
        
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