在發(fā)展中國家生成DNA序列數(shù)據
在全球范圍內，生物多樣性集中在赤道附近，但是生成DNA序列數(shù)據的科學機構研究生物多樣性往往聚集在發(fā)達國家的兩極。然而，DNA測序成本的迅速下降有可能改變這種動態(tài)，并創(chuàng)造更公平的基因研究全球分布。在最近一期“植物科學應用”中發(fā)表的研究中，Gillian Dean博士及其同事展示了在印度尼西亞實驗室生產高質量序列數(shù)據的可行性。
對于發(fā)展中國家的許多實驗室而言，缺乏資金和實踐經驗是產生其自身DNA序列數(shù)據的主要障礙。然而，近年來，生產DNA序列數(shù)據的財務，技術和后勤負擔急劇下降。DNA測序越來越多地集中在“核心”設施上，專門用于以高容量和低成本從制備的樣品中生產高質量的序列數(shù)據。這意味著實驗室只需要對組織進行初步處理，以準備將DNA樣本送至測序核心設施。
制備樣品用于測序所必需的分子技術如DNA提取，純化和PCR現(xiàn)在已經非常成熟，使用相當便宜的試劑(成分)相對簡單的方案。“建立一個分子生物學實驗室似乎令人生畏，但隨著方法變得越來越便宜和越來越強大，它確實可以讓越來越多的研究人員接觸到，”該研究的第一作者Gillian Dean博士解釋道。“我們希望分享我們的專業(yè)知識，以幫助人們設置這些方法，并充分利用可生成的數(shù)據類型。”因此，Dean博士及其同事在西爪哇省Cibinong的印度尼西亞科學研究中心生物學研究中心植物標本館的分子系統(tǒng)學實驗室比較了生成DNA序列數(shù)據的方法。印度尼西亞。該試點研究中產生的DNA條形碼數(shù)據是印度尼西亞西加里曼丹省Gunung Palung國家公園開放式數(shù)字植物群的項目的一部分。
幫助發(fā)展中國家的實驗室建立生產DNA序列數(shù)據的能力，擴大了DNA序列數(shù)據庫的貢獻者數(shù)量，這對科學普遍有益，可能有助于任何數(shù)量的生物信息學分析。據迪恩博士說，“更廣泛的科學界通過提高人們產生數(shù)據的能力而受益。”但它也加強了發(fā)展中國家的科學機構，擴大了科學家可以進行的研究和他們可以回答的問題。
“準備感興趣的DNA用于測序的能力意味著發(fā)展中國家的科學家在設計項目，選擇他們產生的數(shù)據以及出于何種目的時擁有更多的自主權，”Dean博士解釋說。“它還使這些科學家能夠平等地訪問和控制結果數(shù)據。”除了科學效益之外，還有一個法律理由可以擴大向更多國家生成DNA序列數(shù)據的能力，因為許多生物多樣性的國家已經制定了限制在境外進行的研究獲取抽樣的法律。
Dean博士還強調了擴大發(fā)展中國家分子實驗室能力的倫理方面，這有助于建立一個更公平的全球科學機構，并解決殖民主義的遺產問題。“我認為重點是我們必須更多地包括來自樣本來源國家的科學家。從歷史上看，來自較發(fā)達國家的研究人員已經到達并將標本帶回他們的祖國，并且在許多情況下還沒有分享結果數(shù)據與原籍國，“迪恩博士說。“我們必須擺脫這種局面，開始在欠發(fā)達國家開展公平的研究。”這項研究代表了漫長旅程的一步。
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