揭示蛋白質最保守的秘密
在細胞熙熙攘攘的環(huán)境中,成千上萬的蛋白質彼此相遇。盡管吵吵嚷嚷,但它們都能選擇性地與合適的伴侶進行互動,這要歸功于它們表面特定的接觸區(qū)域,考慮到數(shù)十年來對蛋白質結構和功能的研究,這些區(qū)域的神秘程度仍遠遠超出人們的預期。
現(xiàn)在,索爾克研究所的科學家們開發(fā)了一種新的方法來發(fā)現(xiàn)蛋白質表面的接觸對這些細胞相互作用是至關重要的。這種新方法表明,即使對研究充分的蛋白質,也可以發(fā)現(xiàn)其基本的新功能,并對治療藥物的開發(fā)具有重要意義,這在很大程度上取決于藥物如何與細胞靶點進行物理相互作用。這篇論文發(fā)表在11月底的《遺傳學》網(wǎng)絡版上,并計劃在1月份的印刷版上發(fā)表。
“這篇論文展示了這種方法的力量,”資深作者維基·倫德布萊德(Vicki Lundblad)說。“它不僅能識別以前未發(fā)現(xiàn)的蛋白質活性,還能精確定位蛋白質表面執(zhí)行這些新功能的氨基酸。”
氨基酸是蛋白質的基本成分。它們特定的線性排列決定了蛋白質的身份,它們在蛋白質表面的簇狀結構就像接觸點,調節(jié)蛋白質與其他蛋白質和分子的相互作用。倫德布萊德和她的同事們懷疑,盡管他們花了幾十年的時間來破譯蛋白質的奧秘,但蛋白質表面的這種調控景觀的范圍基本上仍未被探索。很久以前,她的團隊在對30萬個突變酵母細胞逐一搜索時,意外地發(fā)現(xiàn)了一個這樣的調節(jié)氨基酸簇。盡管這項工作在端粒生物學領域開辟了一個新的研究領域,倫德布萊德決心找出一種更可靠的方法,能夠迅速發(fā)現(xiàn)更多這些未被探索的蛋白質表面。
現(xiàn)在是倫德布萊德實驗室博士生的約翰盧賓(John Lubin)也加入了進來。
“我的任務是找出如何搜索30個突變酵母細胞,而不是30萬個,來發(fā)現(xiàn)一種蛋白質的新活性,”論文的第一作者之一魯賓說。另一位共同第一作者蒂莫西·圖西(Timothy Tucey)是倫德布萊德研究小組的博士后研究員,目前在莫納什大學(Monash University)工作。
1989年,倫德布萊德在做博士后研究時在酵母中發(fā)現(xiàn)了一種名為Est1的蛋白質。Est1是一種叫做端粒酶的蛋白質(一種酶)的亞基,它可以防止染色體末端的保護帽(稱為端粒)變得太短。Est1作為第一個被發(fā)現(xiàn)的端粒酶亞基,受到了許多研究小組的深入研究。
索爾克團隊的方法是在酵母細胞中引入一組小的,但是是定制的突變,這些突變會選擇性地破壞細胞Est1蛋白的表面接觸。研究小組隨后分析了這些細胞,看看這些不同的突變會產生什么影響,如果有的話。由特定突變引起的異常表明未突變版本的作用是什么。為了做到這一點,他們使用了一種基因技巧,向細胞中注入每一種突變蛋白,并尋找能夠干擾細胞功能的罕見突變蛋白,正如他們之前的工作所顯示的那樣,這種突變蛋白會優(yōu)先以蛋白質表面為靶點。
Lundblad的團隊通過這種方法發(fā)現(xiàn)了Est1的四個功能??茖W家們發(fā)現(xiàn),由于Est1表面氨基酸的突變,這四種功能中的任何一種功能都受到了損害,導致細胞端粒非常短,這表明Est1接觸端粒酶復合物的具體作用。
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