研究人員設(shè)計了一種新的基于LiDAR的方法收集植物表型的數(shù)據(jù)
盆栽的九葉玉米植物坐落在飛盤大小的盤子上。串聯(lián)開始旋轉(zhuǎn)像一個巨大的音樂盒頂部的中心,每秒三度,并在兩分鐘后,植物已旋轉(zhuǎn)到其原始位置。
又過了一分鐘,在附近的屏幕上出現(xiàn)了Seuss博士調(diào)色板中的數(shù)字三維圖像:洋紅色和藍(lán)綠色和黃色,每個葉子呈現(xiàn)出不同的色調(diào),但幾乎與其形狀,大小和角度的實際對應(yīng)物相同。
該渲染及其相關(guān)數(shù)據(jù)來自LiDAR,這是一種在表面發(fā)射脈沖激光并測量這些脈沖反射回來所需時間的技術(shù) - 延遲越大,距離越大。通過在整個旋轉(zhuǎn)過程中掃描植物,這種360度LiDAR技術(shù)可以收集數(shù)以百萬計的三維坐標(biāo),然后復(fù)雜的算法將其聚類并數(shù)字化模擬到植物的組成部分:葉子,莖,耳朵。
內(nèi)布拉斯加大學(xué)林肯分校的Yufeng Ge,Suresh Thapa及其同事設(shè)計了這種方法,作為一種自動有效地收集植物表型數(shù)據(jù)的方法:從遺傳密碼中得出的物理特征??梢允占?,更準(zhǔn)確的表型數(shù)據(jù),研究人員可以更容易地比較針對特定性狀進(jìn)行育種或基因工程的作物 - 最好是那些有助于生產(chǎn)更多食物的作物。
研究人員表示,為了滿足全球人口的糧食需求,加速這項努力尤其重要,預(yù)計全球人口將從目前的約75億人口增長到2050年的近100億人口。
“我們已經(jīng)可以非常迅速地進(jìn)行DNA測序和基因組研究,”生物系統(tǒng)工程助理教授Ge說。“為了更有效地利用這些信息,你必須將它與表型數(shù)據(jù)結(jié)合起來。這樣你就可以回過頭來仔細(xì)研究遺傳信息。但現(xiàn)在(達(dá)到)瓶頸,因為我們不能這樣做我們想要以低成本快速行進(jìn)。“
Ge說,每個工廠三分鐘,該團(tuán)隊的設(shè)置運行速度遠(yuǎn)遠(yuǎn)超過大多數(shù)其他表型技術(shù)。但速度在沒有準(zhǔn)確性的情況下很少發(fā)生,因此該團(tuán)隊還使用該系統(tǒng)來估計玉米和高粱植物的四個特征。前兩個特征 - 單個葉子的表面積和植物上的所有葉子 - 有助于確定植物能夠產(chǎn)生多少能量產(chǎn)生的光合作用。另外兩個 - 葉子從莖伸出的角度以及這些角度在植物中變化的程度 - 影響光合作用以及在田地中種植作物的密度。
將系統(tǒng)的估算與仔細(xì)測量玉米和高粱植物進(jìn)行比較后發(fā)現(xiàn)了有希望的結(jié)果:91%的個體葉片表面積和95%的總?cè)~面積。角度估計的準(zhǔn)確性通常較低,但仍然在72%至90%之間,具體取決于植物的變量和類型。
相機(jī)SHY
迄今為止,最常見的三維表型形式依賴于立體視覺:兩個相機(jī)同時捕獲植物的圖像,并通過識別兩個圖像中的相同點將它們的視角合并為3-D的近似值。
雖然成像在許多方面徹底改變了表型,但確實存在缺陷。Ge說,最短的是在從3-D到2-D的平移過程中不可避免地丟失空間信息,特別是當(dāng)植物的一部分阻擋相機(jī)對另一部分的視圖時。
“對葉片面積和葉片角度等特性來說尤其具有挑戰(zhàn)性,因為圖像不能很好地保留這些特征,”葛說。
研究人員表示,360度激光雷達(dá)方法可以解決這些問題中較少的問題,并且在從數(shù)據(jù)構(gòu)建三維圖像時需要較少的計算資源。
“LiDAR在吞吐量和速度以及準(zhǔn)確度和分辨率方面都具有優(yōu)勢,”生物系統(tǒng)工程博士生Thapa說。“而且它比以前更加經(jīng)濟(jì)。”
展望未來,該團(tuán)隊希望在其LiDAR設(shè)置中引入不同顏色的激光器。植物反射這些額外激光的方式將有助于說明它如何吸收水和氮 - 植物生長的基本要素 - 并產(chǎn)生光合作用所必需的葉綠素。
“如果我們可以解決化學(xué)方面的這三個(變量)和形態(tài)方面的其他四個(變量),然后將它們結(jié)合起來,我們將有七個屬性可以同時測量,”Ge說。“那我真的很開心。”
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