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        新工具可預(yù)測蛋白質(zhì)與長非編碼RNA的相互作用
        
			
        
				2019-01-03 10:28:05
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        研究人員不僅僅是閱讀人類基因組中包含的信息，而且為了充分了解它的工作原理，研究人員的目標(biāo)是了解這種微小調(diào)節(jié)裝置中所有元素的來龍去脈。許多實驗室，聯(lián)盟和項目致力于獲得基因組功能區(qū)域的全局視圖，并了解哪些細胞類型基因是活躍的。
        

        新工具可預(yù)測蛋白質(zhì)與長非編碼RNA的相互作用
        

        有趣的是，只有一小部分人類基因組(約2%)含有編碼蛋白質(zhì)的基因，蛋白質(zhì)是細胞的組成部分。剩下的98%對于調(diào)節(jié)很重要，這意味著它參與控制基因活躍的時間和地點。大部分基因組產(chǎn)生RNA分子，稱為非編碼RNA，其大小，結(jié)構(gòu)和功能不同。由于不同類型的非編碼RNA可以以不同方式與蛋白質(zhì)相互作用，因此已經(jīng)進行了大量努力來研究它們。到目前為止，還沒有可用于處理很長RNA序列的計算工具，并且通過實驗方法研究它們目前是一個巨大的挑戰(zhàn)。
        

        在最近發(fā)表于“ 自然方法”的文章中，巴塞羅那(西班牙)基因組調(diào)控中心的研究人員與EMBL位于蒙特羅通多(意大利)和加州理工學(xué)院(美國)的科學(xué)家合作，推出了一種新的計算工具。預(yù)測蛋白質(zhì)與長非編碼RNA的相互作用，他們使用先進的實驗技術(shù)進行驗證。
        

        “長的非編碼RNA與各種蛋白質(zhì)相互作用，介導(dǎo)重要的細胞功能。試圖識別這些相互作用可能是一個很好的起點，以便了解這些分子在細胞正常功能中的作用，同時也可以在疾病中發(fā)揮作用，” Gian Gaetano Tartaglia，ICREA基因組調(diào)控中心(CRG)研究教授和本文的主要研究者。
        

        新的計算工具稱為全局評分，它允許科學(xué)家預(yù)測在非編碼RNA的序列中，蛋白質(zhì)將在何處建立物理接觸。為此，該算法不僅整合了蛋白質(zhì)與特定RNA結(jié)合的全局傾向，而且還整合了這種結(jié)合的局部特征。“在預(yù)測蛋白質(zhì)相互作用時，RNA的結(jié)構(gòu)絕對重要。我們的主要挑戰(zhàn)是能夠使用RNA序列，無論其長度如何，以便在尋找蛋白質(zhì)配偶體時保持其結(jié)構(gòu)特性的完整視圖，”Davide補充道。 Cirillo，CRG的博士后研究員和論文的第一作者。“我們開發(fā)的算法集成了這些信息，不僅可以讓我們預(yù)測蛋白質(zhì)合作伙伴，但也優(yōu)先考慮他們進行實驗驗證。這種方法學(xué)的進步對于更好地研究長的非編碼RNA及其功能至關(guān)重要“，研究人員總結(jié)道。
        

        這項工作再次強調(diào)了生物信息學(xué)和計算生物學(xué)對推動知識及其在促進和加速生命科學(xué)研究中的關(guān)鍵作用的相關(guān)貢獻。
        
			

			
          
        
			
        
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