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        新算法識(shí)別不同細(xì)菌物種之間的基因轉(zhuǎn)移
        
			
        
				2019-01-03 10:23:46
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			  來(lái)源：
			
        
		
        
				
		
        
			
        基因轉(zhuǎn)移在肺炎鏈球菌細(xì)菌的抗生素抗性基因中特別常見(jiàn)。當(dāng)哺乳動(dòng)物繁殖時(shí)，后代的基因組是父母基因組的組合。相反，細(xì)菌通過(guò)細(xì)胞分裂繁殖。理論上，這意味著后代的基因組是親本基因組的拷貝。然而，由于水平基因轉(zhuǎn)移，細(xì)菌可以將其基因組的片段彼此轉(zhuǎn)移，因此該過(guò)程不是那么簡(jiǎn)單。作為這種現(xiàn)象的結(jié)果，單個(gè)細(xì)菌的基因組可以是來(lái)自幾個(gè)不同供體的基因的組合。一些基因組片段甚至可能來(lái)自完全不同的物種。
        

        新算法識(shí)別不同細(xì)菌物種之間的基因轉(zhuǎn)移
        

        在最近結(jié)合機(jī)器學(xué)習(xí)和生物信息學(xué)的研究中，開(kāi)發(fā)了一種新的計(jì)算方法，用于模擬細(xì)菌群體的不同譜系之間或甚至完全不同的細(xì)菌物種之間的基因轉(zhuǎn)移。該方法用于分析重組致病病原體肺炎鏈球菌的616個(gè)全基因組的集合。
        

        基因的有用性會(huì)影響其轉(zhuǎn)移率
        

        在該研究中，鑒定了幾個(gè)基因轉(zhuǎn)移被認(rèn)為特別常見(jiàn)的個(gè)體基因。這些基因還包括導(dǎo)致抗生素抗性的基因。“在抗生素抗性基因的情況下，基因轉(zhuǎn)移的數(shù)量可能與這些基因?qū)?xì)菌的有效性以及由此產(chǎn)生的選擇壓力有關(guān)”，阿爾托大學(xué)計(jì)算機(jī)科學(xué)系的研究員Pekka Marttinen說(shuō)。
        

        該研究不會(huì)直接解決抗生素耐藥性問(wèn)題，因?yàn)檫@需要深入了解耐藥性的發(fā)生和傳播。然而，他解釋說(shuō)，了解不同物種和譜系之間基因轉(zhuǎn)移的程度可以幫助改善這種理解。
        

        該研究能夠證明基因轉(zhuǎn)移既發(fā)生在物種內(nèi)，也發(fā)生在幾種不同物種之間。研究期間發(fā)現(xiàn)的大量轉(zhuǎn)移對(duì)研究人員來(lái)說(shuō)是一個(gè)驚喜。
        

        Marttinen說(shuō)，以前的研究表明，基因轉(zhuǎn)移在個(gè)體基因中很常見(jiàn)，但我們的團(tuán)隊(duì)是第一個(gè)使用計(jì)算方法來(lái)顯示整個(gè)基因組中基因轉(zhuǎn)移程度的人。“該方法還可以首次有效檢查祖先的基因轉(zhuǎn)移，這對(duì)于研究不同物種之間的轉(zhuǎn)移非常重要。”
        
			

			
          
        
			
        
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