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        改進的基因表達圖譜顯示許多人長的非編碼RNA實際上可能是功能性的

        雖然曾經(jīng)有人認為基因調(diào)控生物功能幾乎完全是通過轉(zhuǎn)錄成編碼RNA然后翻譯成蛋白質(zhì),但現(xiàn)在已知圖像更加復(fù)雜。事實上,研究基因與疾病之間關(guān)系的研究表明,大多數(shù)疾病變異是在蛋白質(zhì)編碼基因之外發(fā)現(xiàn)的。

        改進的基因表達圖譜顯示許多人長的非編碼RNA實際上可能是功能性的

        RIKEN領(lǐng)導(dǎo)的FANTOM聯(lián)盟在十多年前開創(chuàng)了非編碼RNA的發(fā)現(xiàn),首次揭示了哺乳動物基因組轉(zhuǎn)錄環(huán)境的復(fù)雜性。FANTOM聯(lián)盟繼續(xù)處于非編碼RNA起源和功能研究的前沿。在他們的最新作品中,發(fā)表于“ 自然”該團隊已經(jīng)生成了一個全面的人類長鏈非編碼RNA圖譜,其基因模型得到了顯著改善,使他們能夠更好地評估這些RNA的多樣性和功能性。今天繪制RNA轉(zhuǎn)錄圖譜的大多數(shù)嘗試依賴于測序技術(shù),這些技術(shù)并不總是準確地鑒定RNA轉(zhuǎn)錄物的起點或5'末端。為了克服這一局限,該團隊使用了一種名為基因表達分析(CAGE)的技術(shù),該技術(shù)是在RIKEN開發(fā)的,用于構(gòu)建具有精確5'末端的人類長非編碼RNA圖譜,精確定位基因組中的位置。他們的轉(zhuǎn)錄被啟動了

        該圖譜包含27,919個長非編碼RNA,首次總結(jié)了它們在主要人類細胞類型和組織中的表達模式。通過將該圖譜與基因組和遺傳數(shù)據(jù)相交,他們的結(jié)果表明這些RNA中的19,175個可能是功能性的,暗示可能存在與人類中大約20,000個蛋白質(zhì)編碼基因一樣多或甚至更多功能的非編碼RNA?;蚪M。

        “科學(xué)界對于從我們的基因組產(chǎn)生的數(shù)千個長非編碼RNA是否具有功能性或僅僅是嘈雜的轉(zhuǎn)錄機制的副產(chǎn)品存在爭議。” 西澳大利亞大學(xué)Harry Perkins醫(yī)學(xué)研究所的Alistair Forrest教授和RIKEN生命科學(xué)技術(shù)中心(CLST)的高級訪問科學(xué)家,該論文的相應(yīng)作者之一,“通過整合改進的基因模型根據(jù)基因表達,進化保守和遺傳研究的數(shù)據(jù),我們發(fā)現(xiàn)有令人信服的證據(jù)表明這些長的非編碼RNA中的大多數(shù)似乎具有功能性,其中近2,000種我們揭示了它們可能參與疾病和其他遺傳特征。“

        “有趣的是,”該論文的第一作者CLST的Chung-Chau Hon說,“大多數(shù)長的非編碼RNA似乎是由增強子元件產(chǎn)生的。它加深了我們對長非編碼RNA的大部分異質(zhì)起源的理解。 “。

        根據(jù)CLST的Piero Carninci的說法,“改進的基因模型和來自該地圖集的人類長非編碼RNA的廣泛功能提示可以作為Rosetta Stone,讓我們通過實驗研究它們的功能相關(guān)性,作為我們正在進行的工作的一部分。即將出版的FANTOM聯(lián)盟。我們預(yù)計這些結(jié)果可能會進一步推動我們對基因組非編碼部分功能的理解。“

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