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        新的全基因組擴(kuò)增方法減少了其他方法引入的偏差
        
			
        
				2018-12-29 09:52:59
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			  來(lái)源：
			
        
		
        
				
		
        
			
        在哈佛大學(xué)工作的一組研究人員開(kāi)發(fā)了一種新的全基因組擴(kuò)增方法，該方法優(yōu)于目前正在使用的其他方法。在他們發(fā)表在“ 科學(xué) ”雜志上的論文中，該團(tuán)隊(duì)描述了他們的技術(shù)以及在用于測(cè)量暴露于紫外線輻射后人體細(xì)胞中單核苷酸變異時(shí)的表現(xiàn)。
        

        新的全基因組擴(kuò)增方法減少了其他方法引入的偏差
        

        隨著科學(xué)家們繼續(xù)尋求完全理解基因組，不斷開(kāi)發(fā)新的工具。研究的一個(gè)途徑涉及深入研究幾乎相同的單個(gè)細(xì)胞之間的差異- 胚胎細(xì)胞，例如 - 每個(gè)細(xì)胞都有自己獨(dú)特的基因組，即使在同一個(gè)生物體中也是如此。先前的研究已經(jīng)產(chǎn)生了擴(kuò)大細(xì)胞之間差異或差異的工具，這不僅有助于更好地理解基因組如何工作，而且還有實(shí)際應(yīng)用。已經(jīng)開(kāi)發(fā)并用于研究和測(cè)量單個(gè)細(xì)胞之間的遺傳變異的一種這樣的工具是MALBAC-它用于體外受精篩選胚胎。但正如研究人員還指出的那樣，它受到等位基因丟失的影響，這限制了其調(diào)用單核苷酸變異的能力。在這項(xiàng)新的努力中，研究人員找到了一種改進(jìn)技術(shù)的方法 - 改進(jìn)的版本稱(chēng)為通過(guò)轉(zhuǎn)座子插入的線性擴(kuò)增(LIANTI)，他們聲稱(chēng)它具有千堿基分辨率。
        

        LIANTI的工作原理是使用團(tuán)隊(duì)設(shè)計(jì)的轉(zhuǎn)座子將細(xì)胞中的遺傳物質(zhì)分段。轉(zhuǎn)座子是一種能夠改變其在基因組中的位置的DNA。它具有19個(gè)堿基對(duì)的雙鏈轉(zhuǎn)座酶結(jié)合點(diǎn)和單鏈T7啟動(dòng)子環(huán)。轉(zhuǎn)座子帶有一個(gè)啟動(dòng)子，它是開(kāi)始轉(zhuǎn)錄過(guò)程的DNA的一部分。啟動(dòng)子用于擴(kuò)增下游DNA，允許創(chuàng)建可以測(cè)序的文庫(kù)。初步跡象表明，新技術(shù)將勝過(guò)其他方法。
        

        研究人員通過(guò)將人體細(xì)胞暴露在紫外線下然后測(cè)量它們的方差來(lái)測(cè)試他們的技術(shù) - 他們報(bào)告他們的方法覆蓋了97%的基因組，這明顯優(yōu)于其他方法。
        

        進(jìn)一步探索： 檢測(cè)單細(xì)胞基因組突變的突破
        

        更多信息： 陳崇義等。通過(guò)轉(zhuǎn)座子插入的線性擴(kuò)增進(jìn)行單細(xì)胞全基因組分析(LIANTI)，Science(2017)。DOI：10.1126 / science.aak9787
        

        抽象
        

        單細(xì)胞基因組學(xué)對(duì)于生物學(xué)和醫(yī)學(xué)非常重要。然而，目前的全基因組擴(kuò)增(WGA)方法受到拷貝數(shù)變異(CNV)檢測(cè)的低準(zhǔn)確度和低擴(kuò)增保真度的限制。在這里，我們報(bào)告了一種改進(jìn)的單細(xì)胞WGA方法，即通過(guò)轉(zhuǎn)座子插入的線性擴(kuò)增(LIANTI)，其優(yōu)于現(xiàn)有方法，能夠以千堿基分辨率進(jìn)行微型CNV檢測(cè)。這允許直接觀察DNA復(fù)制起點(diǎn)的隨機(jī)激發(fā)，其在細(xì)胞與細(xì)胞之間不同。我們還表明，在單細(xì)胞基因組學(xué)中觀察到的主要的胞嘧啶 - 胸腺嘧啶突變通常起因于細(xì)胞裂解后胞嘧啶脫氨作用。然而，鑒定單核苷酸變異(SNV)可以通過(guò)對(duì)親緣細(xì)胞進(jìn)行測(cè)序來(lái)完成。
        
			

			
          
        
			
        
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