研究人員設(shè)計(jì)CRISPR編輯人類細(xì)胞中的單個(gè)RNA字母
Broad研究所和麻省理工學(xué)院的科學(xué)家們首次利用CRISPR進(jìn)行哺乳動(dòng)物基因組編輯,設(shè)計(jì)了一種新的分子系統(tǒng),用于有效編輯人體細(xì)胞中的RNA。RNA編輯可以在不改變基因組的情況下改變基因產(chǎn)物,具有作為研究和疾病治療工具的巨大潛力。
在今天發(fā)表在“ 科學(xué)”雜志上的一篇論文中,資深作者馮章和他的團(tuán)隊(duì)描述了新的基于CRISPR的系統(tǒng),稱為可編程A到I替換的RNA編輯,或“修復(fù)”。該系統(tǒng)可以以可編程和精確的方式改變哺乳動(dòng)物細(xì)胞中的單個(gè)RNA核苷。REPAIR能夠逆轉(zhuǎn)RNA水平的致病突變,以及其他潛在的治療和基礎(chǔ)科學(xué)應(yīng)用。“糾正導(dǎo)致疾病的突變的能力是基因組編輯的主要目標(biāo)之一,”麻省理工學(xué)院麥戈文腦研究所研究員,廣泛研究所的核心研究所成員張說。“到目前為止,我們已經(jīng)非常擅長滅活基因,但實(shí)際上恢復(fù)丟失的蛋白質(zhì)功能更具挑戰(zhàn)性。這種編輯RNA的新能力開辟了更多潛在的機(jī)會(huì)來恢復(fù)這種功能并治療許多疾病,幾乎任何類型的細(xì)胞。”
REPAIR能夠靶向單個(gè)RNA字母或核苷,將腺苷轉(zhuǎn)換為肌苷(由細(xì)胞讀作鳥苷)。這些字母涉及已知定期引起人類疾病的單堿基變化。在人類疾病中,從G到A的突變極為常見; 這些改變涉及例如局灶性癲癇,杜興肌營養(yǎng)不良癥和帕金森氏病的病例。REPAIR具有逆轉(zhuǎn)任何致病性G-to-A突變影響的能力,無論其周圍的核苷酸序列如何,都有可能在任何細(xì)胞類型中起作用。
與DNA編輯所需的基因組永久性變化不同,RNA編輯提供了一種更安全,更靈活的方法來對(duì)細(xì)胞進(jìn)行校正。“REPAIR可以在不篡改基因組的情況下修復(fù)突變,并且由于RNA自然降解,它可能是一種可逆的修復(fù),”張的實(shí)驗(yàn)室的研究生David Cox解釋說。
為了創(chuàng)建REPAIR,研究人員系統(tǒng)地將CRISPR-Cas13酶家族分析為潛在的“編輯”候選者(與Cas9不同,Cas13蛋白靶向并切割RNA)。他們從Prevotella細(xì)菌中選擇了一種名為PspCas13b的酶,這種酶在滅活RNA方面效果最好。該團(tuán)隊(duì)設(shè)計(jì)了PspCas13b的失活變體,該變體仍然與特定的RNA片段結(jié)合,但缺乏其“剪刀樣”活性,并將其與稱為ADAR2的蛋白質(zhì)融合,后者將核苷腺苷轉(zhuǎn)變?yōu)镽NA轉(zhuǎn)錄物中的肌苷。在REPAIR中,失活的Cas13b酶尋找RNA的靶序列,并且ADAR2元件在不切割轉(zhuǎn)錄物或依賴于任何細(xì)胞的天然機(jī)器的情況下進(jìn)行核苷轉(zhuǎn)化。
為了證明REPAIR的治療潛力,該團(tuán)隊(duì)合成了導(dǎo)致Fanconi貧血和X連鎖腎性尿崩癥的致病突變,將它們引入人體細(xì)胞,并在RNA水平上成功糾正了這些突變。為了進(jìn)一步推動(dòng)治療前景,該團(tuán)隊(duì)計(jì)劃提高REPAIRv2的效率,并將其打包成適合將REPAIRv2引入動(dòng)物模型特定組織的傳遞系統(tǒng)。
研究人員還在研究其他類型核苷轉(zhuǎn)換的其他工具。“這些酶具有巨大的天然多樣性,”共同作者Jonathan Gootenberg說道,他是張氏實(shí)驗(yàn)室和Broad核心研究所成員Aviv Regev實(shí)驗(yàn)室的研究生。“我們一直在尋求利用大自然的力量來實(shí)現(xiàn)這些變革。”
張和Broad研究所以及麻省理工學(xué)院計(jì)劃廣泛分享REPAIR系統(tǒng)。與早期的CRISPR工具一樣,這些小組將通過質(zhì)粒共享網(wǎng)站Addgene上的張實(shí)驗(yàn)室頁面免費(fèi)提供這項(xiàng)技術(shù)用于學(xué)術(shù)研究,張實(shí)驗(yàn)室已經(jīng)與2,200多個(gè)實(shí)驗(yàn)室的研究人員共享試劑42,000多次。在61個(gè)國家,加速了世界各地的研究。
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