EDGE生物信息學(xué)為每個(gè)人帶來(lái)了基因組學(xué)

一個(gè)名為Empowering the Development of Genomics Expertise(EDGE)的新生物信息學(xué)平臺(tái)將通過(guò)允許具有有限生物信息學(xué)專(zhuān)業(yè)知識(shí)的用戶(hù)快速分析和解釋基因組序列數(shù)據(jù)，幫助實(shí)現(xiàn)基因組學(xué)革命的民主化。洛斯阿拉莫斯國(guó)家實(shí)驗(yàn)室的研究人員和他們?cè)诤＼娽t(yī)學(xué)研究中心的合作者開(kāi)發(fā)了EDGE，該文章在最近發(fā)表在Nucleic Acids Research上的一篇論文中有所描述。

“我們意識(shí)到，雖然下一代測(cè)序儀器正變得越來(lái)越普及，普通生物學(xué)家或醫(yī)生也越來(lái)越容易獲得，但處理和分析數(shù)據(jù)所需的生物信息學(xué)工具并不像用戶(hù)友好或可訪(fǎng)問(wèn)，”洛杉磯的Patrick Chain表示。阿拉莫斯的生物安全和公共衛(wèi)生組織和EDGE團(tuán)隊(duì)領(lǐng)導(dǎo)。“鑒于現(xiàn)在使用測(cè)序的大量應(yīng)用，需要一個(gè)強(qiáng)大的生物信息學(xué)平臺(tái)，其中包含了大量的算法，以幫助解決研究人員可能遇到的問(wèn)題。我們尋求開(kāi)發(fā)一個(gè)基于網(wǎng)絡(luò)的環(huán)境，非生物信息學(xué)專(zhuān)家可以輕松選擇他們需要的管道并快速獲得結(jié)果并與他們的數(shù)據(jù)進(jìn)行交互。“

阻止疾病的傳播 - 來(lái)自自然發(fā)生或人為的威脅 - 需要深入了解病原體及其工作原理。為此，通過(guò)準(zhǔn)確，快速地比較基因組數(shù)據(jù)來(lái)表征生物體的能力是洛斯阿拉莫斯國(guó)家安全使命的重要組成部分。

技術(shù)的進(jìn)步推動(dòng)了新的測(cè)序應(yīng)用的發(fā)展，并將使用原始數(shù)據(jù)充斥當(dāng)前數(shù)據(jù)庫(kù)。許多因素限制了這些數(shù)據(jù)的使用，包括大量相關(guān)的軟件和硬件依賴(lài)性以及執(zhí)行此分析所需的詳細(xì)專(zhuān)業(yè)知識(shí)。為了解決這些問(wèn)題，Chain和他的團(tuán)隊(duì)開(kāi)發(fā)了一個(gè)直觀的基于Web的環(huán)境，在預(yù)先配置的工作流程中提供了各種各樣的集成和開(kāi)創(chuàng)性的生物信息學(xué)工具，所有這些工具都可以很容易地應(yīng)用于分離基因組測(cè)序項(xiàng)目或宏基因組學(xué)項(xiàng)目。

EDGE是一個(gè)用戶(hù)友好的開(kāi)源平臺(tái)，集成了數(shù)百種尖端工具，有助于將數(shù)據(jù)分析時(shí)間從數(shù)天或數(shù)周縮短至數(shù)分鐘或數(shù)小時(shí)。EDGE中的工作流程及其易用性為新手下一代測(cè)序用戶(hù)提供了只需點(diǎn)擊幾下鼠標(biāo)即可執(zhí)行許多復(fù)雜分析的功能。該生物信息學(xué)平臺(tái)被描述為一項(xiàng)初步嘗試，旨在促進(jìn)基因組學(xué)的發(fā)展，正如其名稱(chēng)所示，它可用于微生物研究中的廣泛應(yīng)用。

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