皰疹病毒的遺傳研究支持非非洲人類遷移理論
在北美,歐洲,非洲和亞洲收集的31種單純皰疹病毒1型(HSV-1)菌株的基因組序列支持“非非洲”人類遷移理論。
病毒株的分類與您根據(jù)人類基因組測序所預(yù)測的完全相同。我們發(fā)現(xiàn),所有非洲分離株都聚集在一起,遠(yuǎn)東,韓國,日本,中國的所有病毒聚集在一起,歐洲和美洲的所有病毒聚集在一起,除了一個(gè)例外,都聚集在一起,”該大學(xué)的Curtis Brandt教授解釋說。 Wisconsin-Madison的作者,他是該論文的高級作者,該論文發(fā)表在開放獲取期刊PLoS ONE上。
“我們的發(fā)現(xiàn)完全遵循人類學(xué)家告訴我們的內(nèi)容,而分析人類基因組的分子遺傳學(xué)家告訴我們有關(guān)人類起源于何處以及它們?nèi)绾卧诘厍蛏蟼鞑サ男畔ⅰ?rdquo;
對人類基因組的研究表明,人類祖先大約在15萬到20萬年前從非洲出現(xiàn),然后向東傳播到亞洲,再向西傳播到歐洲。
科學(xué)家此前曾通過研究單個(gè)基因或一小群基因研究HSV-1,但這種方法可能會產(chǎn)生誤導(dǎo)。這項(xiàng)新研究使用了高容量的基因測序和先進(jìn)的生物信息學(xué)技術(shù)來分析來自31個(gè)HSV-1基因組的大量數(shù)據(jù)。
布蘭特教授的團(tuán)隊(duì)將基因組分解為26個(gè)片段,為每個(gè)片段制作家譜,然后將每棵樹合并為整個(gè)基因組的一個(gè)網(wǎng)絡(luò)樹。這是與現(xiàn)有的人類遷徙分析相平行的分組。
結(jié)果甚至可以發(fā)現(xiàn)一些復(fù)雜的遷移過程。美國的每份HSV-1樣本都與歐洲的一株相符,但在德克薩斯州分離出的一株看起來像亞洲的。
“我們?nèi)绾卧诘每怂_斯州獲得與亞洲有關(guān)的病毒?威斯康星大學(xué)的第一作者Aaron Kolb博士說:“要么樣本是從遠(yuǎn)東來的人,要么是美國人的祖先大約在15,000年前就越過了白令海峽的陸橋。”麥迪遜
“我們找到了對陸橋假說的支持,因?yàn)榕c其最近的亞洲祖先的分歧日期大約是15,000年前。日期匹配,因此我們推測這是一種美洲印第安人病毒。”布蘭特教授補(bǔ)充說。
HSV-1是該研究的理想病毒,因?yàn)樗子谑占?,通常不會致命,并且能夠形成終身潛伏感染。由于該病毒是通過密切接觸傳播的,因此傾向于在??家庭中傳播。此外,HSV-1比人類基因組簡單得多,這降低了測序成本,但其基因組卻比也用于此類研究的另一種病毒大得多。遺傳學(xué)經(jīng)常歸結(jié)為數(shù)字游戲;更大的數(shù)字產(chǎn)生更強(qiáng)有力的證據(jù),因此更大的基因組產(chǎn)生更多的細(xì)節(jié)。
“但是真正跳出研究的是對非洲以外假設(shè)的明確支持。我們的結(jié)果清楚地支持了人類學(xué)數(shù)據(jù)和其他遺傳數(shù)據(jù),這些數(shù)據(jù)解釋了人類是如何從非洲進(jìn)入中東并開始從那里擴(kuò)散的。”布蘭特教授總結(jié)道。
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