設(shè)計(jì)融合蛋白藥物的更好方法
在A * STAR開發(fā)的新軟件可以幫助科學(xué)家設(shè)計(jì)復(fù)雜的生物制藥藥物,這些藥物需要將蛋白質(zhì)結(jié)合在一起。該工具可在線免費(fèi)獲取,允許研究人員和藥物開發(fā)人員輸入所需的蛋白質(zhì)片段,并相應(yīng)地選擇最佳“接頭”。
領(lǐng)導(dǎo)平臺(tái)開發(fā)商Dong-Yup Lee,A * STAR生物加工技術(shù)研究所(BTI)和新加坡國(guó)立大學(xué)的化學(xué)工程師表示,他“非常愿意與其他研究人員合作,特別是來自生物制藥公司,他們正在尋找適合其合成融合蛋白藥物的接頭。“
Lee和他的同事在Bioinformatics期刊中描述了該軟件。
合適的肽接頭的選擇可能是復(fù)雜的,并且在抗體和其他涉及連接兩種不同蛋白質(zhì)的復(fù)雜藥物或生物技術(shù)工具的設(shè)計(jì)中經(jīng)常被忽略。然而,如果使用不合適的接頭,附著的蛋白質(zhì)可能無法正確折疊。它們也可能表達(dá)水平較低,或活動(dòng)受損。
為了改進(jìn)連接子選擇過程,Lee和他的同事開發(fā)了一個(gè)名為SynLinker的基于網(wǎng)絡(luò)的平臺(tái),該平臺(tái)包含2,150個(gè)天然肽接頭和另外110個(gè)人工或經(jīng)驗(yàn)連接子的數(shù)據(jù)庫(kù)。用戶可以通過接頭長(zhǎng)度,氨基酸組成,溶解度和影響接頭靈活性和功能的其他特征來搜索SynLinker。從多個(gè)候選接頭中挑選后,用戶可以使用每個(gè)接頭對(duì)其所需的融合蛋白構(gòu)建體進(jìn)行建模。“預(yù)測(cè)融合蛋白的可能構(gòu)象是SynLinker的一個(gè)獨(dú)特特征,”Lee說。
Lee的團(tuán)隊(duì)使用SynLinker為融合酶選擇合適的接頭,使科學(xué)家能夠在實(shí)驗(yàn)室模型生物中研究人體藥物代謝。Lee解釋說,他和他的同事們正在酵母菌株中表達(dá)這些融合系統(tǒng),他們“目前正在通過與BTI微生物組合作進(jìn)行功能測(cè)試的實(shí)驗(yàn)驗(yàn)證。”
類似的生物信息學(xué)工具已經(jīng)存在,但現(xiàn)在已經(jīng)停止。名為L(zhǎng)INKER的一個(gè)不再在線,另一個(gè)稱為L(zhǎng)inkerDB,不再被更新或改進(jìn)。SynLinker對(duì)生物醫(yī)學(xué)研究界非常重要,因?yàn)樗峁┝送愖钚?,最全面的資源。“SynLinker是唯一可用于在合成融合蛋白設(shè)計(jì)中選擇接頭候選物的最新在線資源,”Lee說。
SynLinker可在線免費(fèi)獲取。“我們還提供在線幫助信息和教程視頻,以指導(dǎo)用戶使用SynLinker,”Lee說。
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