或過去的幾年里，科學(xué)已被一些東西考慮的再現(xiàn)危機的想法，當其他科學(xué)家甚至同一科學(xué)家重復(fù)，有時甚至許多已發(fā)表的研究沒有產(chǎn)生相同的結(jié)果所困擾。調(diào)查和研究提出了無數(shù)的原因，例如不可靠的試劑和細胞系，選擇性統(tǒng)計，對具有陽性結(jié)果的出版研究的偏見以及動物模型中的遺傳差異。

加州大學(xué)戴維斯分校的微生物學(xué)家和免疫學(xué)家AndreasBäumler及其團隊最近在上個月(3月25日)發(fā)表了自然微生物學(xué)的證據(jù)，至少在一些小鼠研究中，這個問題可能歸結(jié)為模型中的細菌問題。腸道。他們發(fā)現(xiàn)同一品系但從不同供應(yīng)商處購買的小鼠在實驗過程中對感染的敏感性不同，這種現(xiàn)象可以通過改變微生物組來解釋。

“這基本上是一項非常完善的研究，人們已經(jīng)知道了一段時間，并且做了各種各樣的事情，”密歇根大學(xué)醫(yī)學(xué)院的微生物學(xué)家Vincent Young說，他不參與這項研究。“在某些情況下，如果結(jié)果有些變化，你認為你已經(jīng)控制了一切。這是你需要考慮的另一件事，以確保你已經(jīng)考慮到了它。。。。不要再理睬了。“

Bäumler和他的團隊研究鼠傷寒沙門氏菌(Salmonella typhimurium)，這是引起沙門氏菌感染的細菌，以及它如何使用小鼠模型與腸道中的宿主相互作用。在實驗過程中，當一組動物暴露于病原體時，并非所有動物都會生病，而且那些動物會生病，這種疾病會帶來不同的收費。

為了盡量減少這些差異并使其工作盡可能重現(xiàn)，Bäumler已經(jīng)著重使用了遺傳相似的老鼠。但這并沒有消除所有可變性。他想知道差異是否起源于腸道，特別是來自不同供應(yīng)商的遺傳相似老鼠的微生物差異。

為了確定是否是這種情況，他的小組從四家公司購買了相同的小鼠品種并進行了一系列實驗，以確定他們的微生物群是否存在差異以及這可能如何影響感染。

“一旦你知道為什么事情是可變的，那么進展和進行可重復(fù)的實驗變得非常容易。艱難的一步是找出導(dǎo)致變化的原因，“Bäumler說。

參見“偉大的大清理”

他和他的團隊暴露小鼠S.鼠傷寒沙門氏菌，并指出，得了病的那些通常來自同一供應(yīng)商來了，而有抗性的那些從其他公司來了。

為了確定這種不一致與不同的腸道微生物是否有關(guān)，該小組進行了糞便移植 - 從小鼠身上取出微生物群落的樣本，并將它們轉(zhuǎn)移到已經(jīng)消滅了微生物組的無菌小鼠身上。正如預(yù)期的那樣，接受抗性小鼠移植的小鼠也抵抗感染，而從易感捐獻者接受移植的小鼠生病。

當團隊對動物的微生物RNA進行測序時，沒有什么能夠突出。“很明顯它是微生物群，”Bäumler說。“[所以]我們試圖對所有事情進行重新排序，但這并沒有給我們?nèi)魏侮P(guān)于誰負責(zé)的線索。”

該小組嘗試將易感小鼠與來自其他供應(yīng)商的小鼠共處14天，這已知導(dǎo)致微生物共享。一些易感小鼠對感染有抵抗力，但不是全部。同樣，科學(xué)家對抗感染的小鼠和沒有感染的小鼠的微生物群進行了測序，并注意到某些細菌腸桿菌科-鼠傷寒沙門氏菌所屬的細菌家族- 已被轉(zhuǎn)移到抗性細菌中。小鼠但不是易感小鼠。“這是第一個暗示，”巴穆勒說。

在這種洞察力的基礎(chǔ)上，研究小組從抗性小鼠中分離出腸桿菌科細菌，并將其分給易感小鼠。有效;以前脆弱的動物現(xiàn)在抵抗感染。

研究小組發(fā)現(xiàn)鼠傷寒沙門氏菌和腸桿菌科細菌-大腸桿菌- 具有非常相似的代謝。與腸道中的許多其他細菌不同，它們都需要氧氣才能繁殖。在實驗的最后步驟中，研究人員淘汰的一種酶的大腸桿菌用于呼吸作用氧，而導(dǎo)致的膨脹S.鼠傷寒沙門氏菌。

雖然Young指出敲除這種酶可能會產(chǎn)生其他看不見的影響，但Bäumler說病原體的擴張表明這兩種物種一直在競爭同樣的營養(yǎng)素。

Bäumler強調(diào)，這一結(jié)果對于幫助科學(xué)家最大限度地減少研究中的變異性非常重要。

“這就是其中一些問題的一線希望。。。。是的，這是重現(xiàn)性問題。是的，我們所有人，如果我們正在做小鼠研究，我們需要了解這些事情并且非常了解這些變量，“密蘇里大學(xué)獸醫(yī)學(xué)院的微生物學(xué)家和病理學(xué)家Aaron Ericsson說。突變小鼠資源和研究中心，為其他實驗室的小鼠基因和微生物組提供測序服務(wù)。“但是我們還需要退后一步，'嘿，這真的很有趣。這會告訴我們這種疾病有什么用?我們能以某種方式在治療上或診斷上利用它嗎?'“