開源應(yīng)用程序為活體動物創(chuàng)建細(xì)胞發(fā)育的超分辨率圖像
根據(jù)圣母大學(xué)的一項研究,一種新工具可以讓研究人員在細(xì)胞水平上看到生物體的更多生理狀態(tài)。發(fā)表在開發(fā),研究表明一個開放源代碼的應(yīng)用程序,由巴黎圣母院研究人員創(chuàng)建了,怎么可以用在低激發(fā)功率獲得創(chuàng)建一個兩個不同的傳統(tǒng)顯微鏡的圖像高清晰度,三維圖像。這個被稱為DeSOS的應(yīng)用程序結(jié)合了程序中使用的成像技術(shù):盲解卷積(De),它允許在某些情況下恢復(fù)模糊圖像,以及逐步光飽和超分辨率(SOS),一種有助于擴(kuò)展分辨率超出其典型衍射極限。
完全,DeSOS使用物理學(xué)來識別兩個上傳圖像之間的差異,并生成一個圖像,其清晰度明顯高于以前標(biāo)準(zhǔn)實驗室設(shè)備的清晰度。
“這種開源應(yīng)用程序允許科學(xué)家通過使用他們可能已經(jīng)擁有的設(shè)備,共聚焦或雙光子顯微鏡來提取超出之前可達(dá)到的分辨率的圖像,”電氣工程副教授兼共同領(lǐng)導(dǎo)Scott Howard說。作者對這項研究。“這不僅消除了購買超分辨率顯微鏡的費用,而且在評估生物體時,我們的程序也比超分辨率顯微鏡更快,功能更多。”
在這項研究中,共同主要作者Cody J. Smith,Elizabeth和Michael Gallagher生物科學(xué)助理教授使用DeSOS來改進(jìn)他對脊髓發(fā)育研究的成像。史密斯和他的團(tuán)隊分析了生長和延伸形成斑馬魚神經(jīng)系統(tǒng)的特化細(xì)胞。通過該應(yīng)用開發(fā)的圖像使研究人員能夠比共聚焦和雙光子顯微鏡上的傳統(tǒng)圖像更好地觀察斑馬魚神經(jīng)系統(tǒng)的結(jié)構(gòu)。
“由于DeSOS,我的實驗室能夠在斑馬魚脊髓發(fā)育過程中看到單個神經(jīng)纖維,包括我們研究的組成部分,如果沒有這項技術(shù),我們無法清楚地認(rèn)識到,”史密斯說。“我的實驗室能夠通過在我們的研究中加入這種開源應(yīng)用程序,顯著提高我們的成像能力并創(chuàng)造新的發(fā)現(xiàn)。”
除了靜止圖像,這種DeSOS技術(shù)允許用戶編輯來自生物體的時間流逝圖像的視頻。在這項研究中,霍華德和史密斯創(chuàng)建了一個視頻,顯示斑馬魚的神經(jīng)纖維在發(fā)育過程中生長形成分支,最終向頭部和后部延伸形成神經(jīng)系統(tǒng)。
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