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        基因組裝配挑戰(zhàn)輕拍人群的智慧
        
			
        
				2018-12-25 10:29:14
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        基因組10K項(xiàng)目的領(lǐng)導(dǎo)者，收集和測序10,000種脊椎動(dòng)物物種的DNA從魚類到靈長類動(dòng)物的努力，已經(jīng)開始利用相對(duì)新近的“眾包”過程來改進(jìn)所有這些最終測序的基因組被組裝用于分析的方式。選擇性眾包 - 或“智能采購” - 在這種情況下是指向一組合格的科學(xué)家提供任務(wù)的做法，而不是讓一個(gè)人或組織試圖單獨(dú)解決它。
        

        基因組裝配挑戰(zhàn)輕拍人群的智慧
        

        上周，紐約冷泉港實(shí)驗(yàn)室的基因組生物學(xué)會(huì)議上發(fā)表了“ The Assemblathon ” 的初步結(jié)果，這是一項(xiàng)與Genome 10K項(xiàng)目相關(guān)的眾包研究基因組組裝挑戰(zhàn)。來自七個(gè)國家的17個(gè)團(tuán)隊(duì)使用他們自己的計(jì)算機(jī)軟件程序 - 稱為“基因組裝配器” - 來組裝相同的基因組。該挑戰(zhàn)由加州大學(xué)戴維斯分校的基因組中心與加州大學(xué)圣克魯茲分校的David Haussler博士實(shí)驗(yàn)室合作舉辦。
        

        為了確定基因組的DNA序列，科學(xué)家們開始使用一種名為鳥槍測序的實(shí)驗(yàn)室技術(shù)，該技術(shù)將DNA分子隨機(jī)分解成許多重疊的較小片段，可以通過下一代DNA測序儀單獨(dú)測序。該過程的輸出是數(shù)百萬個(gè)測序的DNA片段，必須以正確的順序重新組裝，以準(zhǔn)確地表示科學(xué)家和研究人員分析的基因組。
        

        但是，與Humpty Dumpty不同，童謠的特征無法再次重新組合在一起，科學(xué)家們能夠使用創(chuàng)新的計(jì)算方法重新組裝基因組。
        

        雖然沒有正式的Assemblathon獲獎(jiǎng)?wù)撸M織者確實(shí)將三個(gè)基因組裝配器命名為頂級(jí)類別：BGI(原北京基因組學(xué)研究所)SOAPdenovo; Broad研究所的ALLPATHS-LG; 以及桑格研究所的“字符串圖匯編程序”。組織者計(jì)劃在未來幾個(gè)月內(nèi)將結(jié)果發(fā)布在同行評(píng)審期刊上。根據(jù)加州大學(xué)戴維斯基因組中心的Assemblathon和生物信息學(xué)副主任Ian Korf博士的說法，根據(jù)評(píng)估每個(gè)組件的指標(biāo)，可能有11個(gè)不同的頂級(jí)組裝者。 。
        

        “我們沒有明確說明我們?nèi)绾卧u(píng)判表現(xiàn)，主要是因?yàn)檫@是一項(xiàng)研究[努力]，”科夫博士說。“將來，我們肯定會(huì)給予某種官方認(rèn)可，并希望獲得獎(jiǎng)品。” 他建議也許DNA測序機(jī)供應(yīng)商可能會(huì)捐贈(zèng)獎(jiǎng)品，例如iPad 2。
        

        第一次Assemblathon的基因組由來自“虛擬”基因組的模擬序列讀數(shù)組成。通過從計(jì)算機(jī)生成的完整基因組開始，組織者確定最終的組裝解決方案。
        

        然而，匯編程序希望使用Assemblathon 2的真實(shí)基因組，今年將從6月1日開始，當(dāng)數(shù)據(jù)可以由團(tuán)隊(duì)下載時(shí)，到9月1日必須提交數(shù)據(jù)進(jìn)行評(píng)估?；蚪M裝配者希望組裝真實(shí)基因組的額外挑戰(zhàn)“為基因組生物學(xué)做出真正的貢獻(xiàn)”。
        

        選擇用于組裝的三個(gè)基因組來自Genome 10K計(jì)劃在未來2年內(nèi)排序的最初101種。它們包括魚類的慈鯛魚類，使用Illumina技術(shù)測序; 紅尾蟒蛇，使用Illumina技術(shù)測序; 還有五顏六色的鸚鵡，一只用454和Illumina技術(shù)平臺(tái)測序的鳥。Assemblathon 2的結(jié)果將于11月在冷泉港實(shí)驗(yàn)室的基因組信息學(xué)會(huì)議上公布。
        

        “我認(rèn)為Assemblathon最有用的方面之一是聚集了如此龐大的基因組裝配組，”Korf博士說。“他們都非常聰明......我認(rèn)為他們彼此學(xué)到了很多東西。展望未來，像Assemblathon這樣的友好比賽對(duì)提高藝術(shù)水平非常有用。”
        
			

			
          
        
			
        
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