試點研究注意到ACMG立場對偶然發(fā)現(xiàn)的影響
由于成本不斷降低,基因組學越來越多地被納入醫(yī)學領域全基因組和全外顯子組測序。與先前僅查看單個基因的基因測試不同,基因組或外顯子組測序揭示了全基因組信息。如此大量的測序數(shù)據(jù)意味著除了感興趣的基因之外的偶然發(fā)現(xiàn)很可能。偶然發(fā)現(xiàn)通常被定義為與測序測試的目的無關的陽性發(fā)現(xiàn),但對于患者護理是有價值的。如何處理它們是臨床醫(yī)生和研究人員之間日益激烈的爭論。雖然偶然的發(fā)現(xiàn)可能有助于臨床醫(yī)生和患者共同預防或治療未確診的病癥,但它們也可能給患者帶來不必要的壓力,給醫(yī)療保健提供者帶來額外的成本和時間負擔。
2013年3月,美國醫(yī)學遺傳學和基因組學(ACMG)發(fā)布了56個基因的推薦清單,實驗室和臨床醫(yī)生必須向患者報告,如果發(fā)現(xiàn)偶然發(fā)現(xiàn)。ACMG列表中的基因都是突變可導致嚴重但可治療的健康狀況的基因(稱為可操作的發(fā)現(xiàn))。2013年4月,ACMG澄清說如果沒有報告這些調查結果將被視為“不道德”。
11月的基因組月度進展強調了一項試點研究,該研究試圖估計每個人可預期的可行結果的數(shù)量。作者還批判性地討論了附帶調查結果可能對醫(yī)療保健系統(tǒng)造成的潛在負擔,以及對醫(yī)療服務提供者可用于識別有害突變的適當清算所的不斷增長的需求,以便在臨床護理中使用。最后,該研究引發(fā)了對基因檢測引起的健康差異的擔憂。
該論文于10月由美國人類遺傳學會發(fā)表,首次將ACMG的可操作基因列表從56擴展到114.這些基因通過臨床測序和探索性研究確定。(CSER)“NEXT”結果返回委員會(RORC),由華盛頓大學和國家人類基因組研究所資助。
在國家心臟,肺和血液研究所外顯子組測序項目的6,503名參與者中,選擇了500名歐洲血統(tǒng)的參與者和500名非洲人后裔參與者進行篩查。在參與者的114個感興趣的基因中,鑒定了239個獨特變體,其被認為是由人類基因突變數(shù)據(jù)庫(HGMD)引起的疾病。然而,沒有進一步的定義或指導如何找出這些“致病”變異中有多少是致病突變,這使我們得到了研究人員用于本研究的回答。
該研究提出了嚴格的標準,將變異分為四類:致病變異; 可能具有不確定意義的致病變異(VUS); VUS; 并且可能是良性的VUS。該研究還包括未列入HGMD的其他突變,并考慮了次要等位基因頻率(MAF)。MAF越高,變體越常見,并且如果MAF高于某一閾值水平,則變體將太常見而不是高滲透性致病變體。一旦考慮了這些變異體的頻率,239種變體中的72種不再被認為是致病性的。
來自HGMD的所有變體以及HGMD之外的一些變體都由19位專家評審員進行了審核 - 其中一些是質量控制的雙重審核 - 整個變異列表由遺傳咨詢師監(jiān)督。通過各種審查過程,該研究發(fā)現(xiàn),只有23個(1,000個中)參與者對114個可操作基因中的一個或多個具有致病性或可能致病性突變。更具體地,僅有7.5%被HGMD分類為致病的變體被發(fā)現(xiàn)是致病性的或可能是致病性的。雖然這些變種的數(shù)量遠遠低于“引起疾病的變種”的數(shù)量,這是一個好消息,但它也強調了我們仍然缺乏正確鑒定用于臨床護理的致病突變的數(shù)據(jù)庫這一事實。此外,
其中偶然發(fā)現(xiàn)是研究人員如此熱門話題的原因之一,取決于研究者是否有義務或責任在進行基因組研究的過程中積極尋找可行的偶然發(fā)現(xiàn)(然后通知參與者) 。該研究的一項重要發(fā)現(xiàn)涉及審查感興趣基因證據(jù)所需的時間長度; 整個審核過程大約需要92個小時,每個獨特變體平均需要23分鐘的專家審核時間,這是一個不可忽視的時間。
最后但同樣重要的是,該研究強調了基因檢測導致的健康差異進一步增加。在非洲人后裔中,只發(fā)現(xiàn)了239種獨特變種中的94種。在可能致病或致病突變的18名參與者中,只有3名是非洲人后裔。這組作者說,這可以解釋為非洲人群變異的遺傳學文獻不足,研究界越來越關注這一問題。因此,基因檢測目前對歐洲人后裔更有幫助,除非在遺傳學和基因組學研究中包含更多種族多樣化的群體,否則這種差異將加劇。
該研究并未直接推薦任何識別致病突變的方法來解決偶然發(fā)現(xiàn)的問題。然而,這些結果為研究人員找到解決這一問題的方法提供了見解,并有望在未來幫助制定決策。
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