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        CRISPR引導(dǎo)的鄰近標(biāo)記解剖基因轉(zhuǎn)錄的蛋白質(zhì)組學(xué)編排
        
			
        
				2019-04-19 11:17:34
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			  來源：
			
        
		
        
				
		
        
			
        比以前的方法更強(qiáng)大，從細(xì)胞中標(biāo)記和收獲DNA相關(guān)蛋白的新方法可以打開對(duì)轉(zhuǎn)錄控制的更深入的見解?；蜣D(zhuǎn)錄需要一個(gè)復(fù)雜的分子編排技巧，其中許多蛋白質(zhì)在正確的時(shí)間在正確的地方聚集在一起。分離，鑒定和研究這些蛋白質(zhì)同樣復(fù)雜，并且現(xiàn)有的這樣做的方法雖然強(qiáng)大，但具有限制其效用的限制。
        

        CRISPR引導(dǎo)的鄰近標(biāo)記解剖基因轉(zhuǎn)錄的蛋白質(zhì)組學(xué)編排
        

        例如，廣泛使用的染色質(zhì)免疫沉淀(ChIP)方法依賴于從細(xì)胞中捕獲蛋白質(zhì)的抗體。因此，它只能找到一種蛋白質(zhì)，其中一種蛋白質(zhì)具有高質(zhì)量的特異性抗體，并且假定某種蛋白質(zhì)可能存在于給定基因附近，從而遺漏了人們可能不期望的蛋白質(zhì)。
        

        在自然方法方面，由Broad工作人員科學(xué)家Sam Myers，Broad蛋白質(zhì)組學(xué)平臺(tái)主任和研究所科學(xué)家Steven Carr以及Broad核心研究所成員Feng Zhang領(lǐng)導(dǎo)的團(tuán)隊(duì)揭示了一種新的，無偏見的方法來捕獲有助于表達(dá)目的基因的蛋白質(zhì)，這依賴于CRISPR-Cas9基因組編輯系統(tǒng)的鈍化版本。被稱為GLoPro(用于基因組基因座蛋白質(zhì)組學(xué))，該方法提供了更全面的視圖，了解哪些蛋白質(zhì)管理給定基因的表達(dá)，這些知識(shí)可以幫助揭示其功能及其在細(xì)胞電路中的位置的見解。
        

        GLoPro依賴于催化惰性(或“死”)形式的Cas9蛋白(dCas9)與稱為APEX2的酶的工程化版本融合。使用指導(dǎo)RNA，融合蛋白 - 稱為CASPEX-以典型的CRISPR方式進(jìn)入基因組中的所需位點(diǎn)。然而，CASPEX并沒有削減DNA，而是命令任何與生物素接近的蛋白質(zhì)或蛋白質(zhì)組。然后，研究人員可以使用這種化學(xué)標(biāo)簽收集標(biāo)記的蛋白質(zhì)，用于基于質(zhì)譜的蛋白質(zhì)組學(xué)分析。
        

        在他們的論文中，研究小組表明，在細(xì)胞系中，他們可以標(biāo)記，捕獲和分析與hTERT和MYC基因啟動(dòng)子結(jié)合的蛋白質(zhì)。與其他蛋白質(zhì)分離方法相比，GLoPro證明了它是一種有效且可能通用的方法，用于在基因組中的任何位置附近標(biāo)記蛋白質(zhì)。
        

        該團(tuán)隊(duì)繼續(xù)探索GLoPro如何成為獲取更全面的基因轉(zhuǎn)錄協(xié)調(diào)見解的工具。
        
			

			
          
        
			
        
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