新的綜合分析方法揭示了與疾病有關(guān)的分子
技術(shù)進(jìn)步使科學(xué)家們能夠獲得大量關(guān)于細(xì)胞和組織中不同信息攜帶分子的數(shù)據(jù),如DNA,蛋白質(zhì)和各種形式的RNA。然而,迄今為止,很難對(duì)這些信息進(jìn)行綜合分析,以進(jìn)一步了解與特定疾病發(fā)展有關(guān)的分子和過程。
來自大阪大學(xué)領(lǐng)導(dǎo)的合作研究人員為我們理解細(xì)胞和組織成分之間的復(fù)雜關(guān)系做出了重大貢獻(xiàn)。他們建立了一種名為MIGWAS的新分析方法,該方法整合了來自兩個(gè)不同來源的信息。其中之一是遺傳變異與疾病和其他特征之間的關(guān)聯(lián),而另一個(gè)是關(guān)于稱為miRNA的小調(diào)節(jié)分子與它們靶向的基因之間形成的網(wǎng)絡(luò)的數(shù)據(jù)。該團(tuán)隊(duì)表明,這種計(jì)算機(jī)篩選方法提供了改進(jìn)的能力,以揭示與疾病和其他特征相關(guān)的新細(xì)胞成分,特定于組織。
通過積累關(guān)于miRNA在各種生理功能和疾病中的重要性的發(fā)現(xiàn),促使以這種方式使用miRNA數(shù)據(jù)。miRNA是DNA的小產(chǎn)物,它們本身不編碼蛋白質(zhì),而是與mRNA結(jié)合以調(diào)節(jié)基因表達(dá)。在這項(xiàng)最新研究中,研究人員利用先前獲得的數(shù)據(jù)來研究不同細(xì)胞中約1,800種miRNA的表達(dá)。他們一方面尋找這些miRNA與它們靶向的基因之間的重疊,另一方面通過直接關(guān)注遺傳密碼的研究將其他基因鑒定為與疾病和其他特征相關(guān)聯(lián)的基因。
“很難獲得有關(guān)miRNA影響的令人信服的數(shù)據(jù),因?yàn)樗鼈兊亩涕L度意味著它們僅由基因組的很小一部分編碼,”主要作者Saori Sakaue說。“我們的MIGWAS方法將全基因組關(guān)聯(lián)研究和miRNA靶向網(wǎng)絡(luò)的研究結(jié)果聯(lián)系起來,有助于克服這一問題。它成功地獲得了miRNA /靶基因富集的重要結(jié)果,例如不同種族的身高和2型糖尿病等特征。”
該團(tuán)隊(duì)試圖通過關(guān)注疾病類風(fēng)濕性關(guān)節(jié)炎(RA)來驗(yàn)證這種方法,使用來自近20,000個(gè)RA病例和超過60,000個(gè)相應(yīng)對(duì)照的單核苷酸多態(tài)性的數(shù)據(jù)。這揭示了與RA相關(guān)的四種miRNA,這些miRNA也由MIGWAS管道鑒定,其中一種在RA患者中顯著高表達(dá)。
“我們方法的分析能力顯示了以組織特異性方式發(fā)現(xiàn)新的miRNA網(wǎng)絡(luò)及其與特征和疾病相關(guān)的靶基因的潛力,”相應(yīng)的作者Yukinori Okada說。“這應(yīng)該可以更容易地找到我們可以專注于制定各種疾病治療策略的新目標(biāo)。”
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