研究資源標(biāo)識符可改善生物醫(yī)學(xué)研究中細(xì)胞系的正確使用

根據(jù)eLife今天發(fā)表的一項(xiàng)研究，使用研究資源標(biāo)識符(RRID)有助于減少生物醫(yī)學(xué)研究中細(xì)胞系的不當(dāng)使用。研究結(jié)果表明，在科學(xué)文獻(xiàn)中繼續(xù)使用RRID 可以更好地報(bào)告出版物中的細(xì)胞系和其他研究材料，從而有助于未來的重復(fù)性工作。

細(xì)胞系廣泛用于生物科學(xué)。它們無限繁殖的能力意味著科學(xué)家在理論上可以完全復(fù)制以前的研究并在結(jié)果的基礎(chǔ)上進(jìn)行。但錯(cuò)誤標(biāo)記或錯(cuò)誤處理可能導(dǎo)致有問題的細(xì)胞系的錯(cuò)誤識別，污染和/或分布，這反過來又會(huì)影響研究數(shù)據(jù)的有效性。

“RRID應(yīng)該有助于減少這種細(xì)胞系的不當(dāng)使用，”共同第一作者Zeljana Babic解釋說，他是美國加利福尼亞大學(xué)圣地亞哥分校生物系統(tǒng)研究中心的研究生。“這些獨(dú)特的標(biāo)識符可以包含在研究論文的方法部分中，以定義細(xì)胞系，抗體，轉(zhuǎn)基因生物或使用的軟件。它們可以提醒研究人員注意標(biāo)記有問題的細(xì)胞系的資源，例如Cellosaurus數(shù)據(jù)庫。”

“Cellosaurus數(shù)據(jù)庫是細(xì)胞系中最全面的知識資源，”日內(nèi)瓦大學(xué)教授，瑞士生物信息學(xué)研究所組長Amos Bairoch說。“細(xì)胞系的RRID由此權(quán)威數(shù)據(jù)庫創(chuàng)建。”

國際細(xì)胞系認(rèn)證委員會(huì)(ICLAC)主席Amanda Capes-Davis補(bǔ)充說：“錯(cuò)誤鑒定的細(xì)胞系是科學(xué)文獻(xiàn)中的一個(gè)主要問題。如果研究人員在發(fā)表細(xì)胞系之前對其進(jìn)行錯(cuò)誤識別，他們是否還會(huì)報(bào)告來自這種細(xì)胞系的數(shù)據(jù)?“

在他們的研究中，該團(tuán)隊(duì)使用自然語言處理算法來文本挖掘PubMed Central中約200萬篇科學(xué)論文的方法部分。他們使用該算法識別包含RRID的文章和列出細(xì)胞系的文章，然后比較這兩個(gè)樣本中錯(cuò)誤識別的細(xì)胞系出現(xiàn)的頻率。

他們在150,459篇文章中確定了305,161個(gè)獨(dú)特的細(xì)胞系名稱，并估計(jì)其中8.6%屬于有問題的細(xì)胞系列表。另一方面，包含RRID的634篇論文中只有3.3%的細(xì)胞系存在問題列表中。這表明使用RRID與較低報(bào)告的有問題細(xì)胞系的使用相關(guān)。

“但在解釋這些結(jié)果時(shí)我們必須謹(jǐn)慎行事，”資深作者Anita Bandrowski解釋說，他是加州大學(xué)圣地亞哥分校生物系統(tǒng)研究中心SciCrunch和項(xiàng)目主管的首席執(zhí)行官。“在有問題的清單上使用細(xì)胞系不會(huì)自動(dòng)意味著給定的生產(chǎn)線使用不當(dāng)。此外，該清單還包括標(biāo)有錯(cuò)誤癌癥類型的細(xì)胞系，但如果使用的話仍可安全使用研究人員知道這條線的真實(shí)身份。“

該團(tuán)隊(duì)補(bǔ)充說，重要的是要審查調(diào)查結(jié)果所依據(jù)的證據(jù)，并對其對已發(fā)表工作的影響做出深思熟慮的判斷。“細(xì)胞系資源，如Cellosaurus和ICLAC登記的錯(cuò)誤識別的細(xì)胞系，已被開發(fā)用于提高對細(xì)胞系信息的認(rèn)識，”Bandrowski總結(jié)道。“我們希望包含RRID將改善這些資源的使用，并在未來的出版物中更好地報(bào)告所有研究材料。”

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