關(guān)于逆轉(zhuǎn)錄病毒宿主共同進(jìn)化的新知識
逆轉(zhuǎn)錄病毒通過將其基因插入宿主基因組中而使脊椎動物宿主定居數(shù)百萬年,使其能夠通過世代繼承作為內(nèi)源性逆轉(zhuǎn)錄病毒(ERV)。烏普薩拉大學(xué)的研究人員現(xiàn)在通過研究野生和家兔群體中的ERV變異和分離,提供關(guān)于逆轉(zhuǎn)錄病毒及其寄主的長期關(guān)聯(lián)的新知識。該研究結(jié)果發(fā)表在美國國家科學(xué)院院刊(PNAS)上。
逆轉(zhuǎn)錄病毒,例如人類的HIV,必須成為宿主細(xì)胞核DNA的一部分,以產(chǎn)生新的病毒。數(shù)百萬年的時(shí)間尺度,生殖細(xì)胞的逆轉(zhuǎn)錄病毒浸潤已被宿主的后代遺傳為ERV,其構(gòu)成了今天脊椎動物基因組的大部分。
研究人員利用最近的技術(shù)進(jìn)展對來自野生和家養(yǎng)宿主的全基因組進(jìn)行了基于人群的分析,這為ERV-宿主基因組變異提供了新的見解。作為一個(gè)模型,研究人員研究了歐洲兔子,它們在大約一百萬年前分化為伊比利亞半島的兩個(gè)亞種,大約1000年前在法國南部被馴化。
“通過研究來自相關(guān)宿主群體的全基因組序列與單個(gè)個(gè)體的基因組相比,我們可以識別新的ERV以更好地了解逆轉(zhuǎn)錄病毒 - 宿主的共同進(jìn)化,”該研究的第一作者Daniel Rivas說。
利用來自許多兔群的數(shù)百人的數(shù)據(jù),研究人員能夠識別以前未知的逆轉(zhuǎn)錄病毒插入,并確定參考基因組中存在的那些的擴(kuò)散。ERV多樣性主要遵循兔差異,結(jié)果表明不同兔群體中ERV插入的顯著差異。這一新知識揭示了ERV如何在宿主種群中傳播,以及這種傳播如何與宿主物種的進(jìn)化相關(guān)聯(lián)。
“我們從宿主群體中發(fā)現(xiàn)的豐富和分離變異表明基因組ERV記錄是逆轉(zhuǎn)錄病毒 - 宿主關(guān)聯(lián)的進(jìn)化觀點(diǎn)的顯著來源,”該研究負(fù)責(zé)人Patric Jern說。
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