破解細胞命運調(diào)節(jié)因子的RNA結合代碼
RNA和蛋白質(zhì)之間的相互作用影響RNA代謝的所有方面。這些相互作用由不同的RNA結合結構域(RBD)介導,其中許多仍有待發(fā)現(xiàn)。最近發(fā)現(xiàn)的RBD的一個例子是NHL結構域。該結構域存在于所謂的TRIM-NHL蛋白中,如秀麗隱桿線蟲LIN-41或其人同源物LIN41 / TRIM71,統(tǒng)稱為LIN41。
LIN41蛋白質(zhì)如何識別特定的RNA仍然未知。領導該項目的作者之一Pooja Kumari解釋說:“我們知道NHL結構域介導TRIM-NHL蛋白質(zhì)與RNA的相互作用:果蠅Brat的NHL結構域以序列特異性方式結合RNA,我們之前的工作表明LIN-41的NHL結構域也介導RNA結合。但是,很長一段時間我們無法鑒定LIN41結合所需的RNA序列基序。“
另一位主要作者弗洛里安·阿斯基曼(Florian Aeschimann)表示,這種結合可能是由靶mRNA中的二級結構介導的。根據(jù)這一假設,來自Dimos Gaidatzis的計算輸入的FMI科學家可以證明LIN41的NHL結構域確實與特定的RNA莖環(huán)(SL)元件相互作用,僅共享少數(shù)序列特征但在其中僅含有三個核苷酸。環(huán)。
最后,在來自蛋白質(zhì)結構設施的Jeremy Keusch和Heinz Gut的重要幫助下,Kumari闡明了LIN41-RNA復合物的晶體結構:“從晶體結構中,我們觀察到RNA SL的環(huán)被插入帶正電的空腔中在NHL結構域中,它是定義這種相互作用特異性的RNA形狀,“Kumari說。
這些發(fā)現(xiàn)令人驚訝,因為Kumari指出:“確定的相互作用形式完全不同于Brat的RNA結合,否則就是一種類似神仙的蛋白質(zhì)。這種RNA結合可塑性的合理解釋來自華沙IIMCB的合作者,基于系統(tǒng)發(fā)育分析,他們提出RNA結合的不同策略反映了NHL結構域的快速進化。“
Rafal Ciosk說:“這項工作是一個有力的例子,說明生物化學,結構,計算和功能方法的結合使用如何揭示新型RNA結合折疊的生物學作用和進化歷史,為未來更多此類發(fā)現(xiàn)鋪平道路“。
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