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        開發(fā)的小鼠基因活動數(shù)據(jù)庫
        
			
        
				2019-06-29 09:15:44
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        弗朗西斯克里克研究所的科學(xué)家們開發(fā)了一個綜合的十種疾病模型小鼠基因活動數(shù)據(jù)庫。該團隊表示，它提供了對不同病原體的免疫反應(yīng)的全貌。
        

        開發(fā)的小鼠基因活動數(shù)據(jù)庫
        

        該數(shù)據(jù)于昨天在Nature Communications上發(fā)布，可通過在線應(yīng)用程序獲得，顯示每種小鼠基因的活性 - 超過45,000個基因 - 在具有十種不同疾病的小鼠的血液中。對于涉及肺的六種疾病，還檢查了來自肺的樣品。
        

        以前，研究人員必須創(chuàng)建，感染，剔除，從小鼠中獲取樣本并提取和測序RNA以研究他們感興趣的基因。使用實驗室為本研究創(chuàng)建的應(yīng)用程序，研究人員將能夠檢查活動任何基因都可以在不需要自己的小鼠的情況下跨越多種疾病。這可以防止數(shù)千只小鼠被用于個體實驗。
        

        “通過對肺組織和血液進行測序，我們還可以看到血液中的免疫反應(yīng)如何反映肺部的局部反應(yīng)，反之亦然。這將有助于我們了解我們可以從血液中的遺傳特征中學(xué)到什么，因為對于大多數(shù)疾病，醫(yī)生無法從患者身上獲得肺部樣本。“由Crick集團領(lǐng)導(dǎo)人Anne O'Garra領(lǐng)導(dǎo)的研究小組使用RNA-seq來測量不同疾病的基因活動。“基因活動可以向我們展示身體如何對感染和過敏原做出反應(yīng)，”O'Garra解釋道。“有數(shù)千種基因參與任何免疫反應(yīng)，因此我們實驗室的生物信息學(xué)博士后Akul Singhania使用先進的生物信息學(xué)方法將基因聚類成模塊。這些模塊代表共同調(diào)節(jié)的基因簇，通?？梢宰⑨尨_定它們的功能和已知的生理作用。例如，在38個肺模塊中有一個與過敏相關(guān)的模塊，僅在過敏模型中看到，包含100多個基因和另一個與含有200多個基因的T細胞相關(guān)的模塊。
        

        使用該應(yīng)用程序，研究人員可以查找感染了一系列病原體的小鼠的肺和血液中的基因活性：寄生蟲弓形蟲，流感病毒和呼吸道合胞病毒(RSV)，細菌伯克霍爾德氏菌，真菌白色念珠菌，或過敏原，屋塵螨。他們還可以看到李斯特菌，小鼠巨細胞病毒，瘧疾寄生蟲Plasmodium chabaudi chabaudi或慢性伯克霍爾德氏菌感染的小鼠血液中的基因活性。
        
			

			
          
        
			
        
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