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        ECCITE-seq促進(jìn)多模式單細(xì)胞分析

        最近由紐約基因組中心的科學(xué)家開發(fā)的ECCITE-seq允許研究人員對(duì)單個(gè)細(xì)胞的多種信息形式進(jìn)行高通量測(cè)量,根據(jù)Nature Methods昨天發(fā)表的一篇論文。

        ECCITE-seq促進(jìn)多模式單細(xì)胞分析

        通過(guò)測(cè)序,ECCITE-seq或擴(kuò)展的CRISPR兼容的轉(zhuǎn)錄組和表位的細(xì)胞索引,并行地分析來(lái)自數(shù)千個(gè)單細(xì)胞的不同類型的生物分子,提供可用作基于CRISPR的匯集遺傳學(xué)篩選中的讀數(shù)的廣泛信息。

        2017年,NYGC發(fā)布了一個(gè)相關(guān)工具CITE-seq,它可以檢測(cè)蛋白質(zhì)和單個(gè)細(xì)胞中的轉(zhuǎn)錄組。他們通過(guò)使用相同的概念對(duì)單個(gè)樣品進(jìn)行條形碼編碼,從而在2018年發(fā)布的名為Cell Hashing的方法中對(duì)單細(xì)胞RNA測(cè)序?qū)嶒?yàn)進(jìn)行多重化,從而完成了這項(xiàng)工作。這些技術(shù)在最近的Biocompare電子書中得到了廣泛的應(yīng)用。

        “也許這種方法最重要的應(yīng)用在于CRISPR屏幕,”高級(jí)研究科學(xué)家,該研究的第一作者Eleni Mimitou博士說(shuō)。“將指南的直接捕獲與多模式讀數(shù)相結(jié)合,有望使這些單細(xì)胞篩選更加穩(wěn)健和高效,并揭示單獨(dú)在RNA水平無(wú)法檢測(cè)到的細(xì)胞表型,”她繼續(xù)說(shuō)道。在原理證明分析中,Mimitou博士及其同事展示了高效的指導(dǎo)捕獲,并對(duì)目標(biāo)轉(zhuǎn)錄物進(jìn)行了特異性指導(dǎo)反應(yīng),并顯著降低了蛋白質(zhì)水平。ECCITE-seq與現(xiàn)有的CRISPR指導(dǎo)庫(kù)兼容,可廣泛應(yīng)用于檢測(cè)單細(xì)胞水平的擾動(dòng)。“對(duì)于ECCITE-seq,我們調(diào)整了我們之前關(guān)于蛋白質(zhì)檢測(cè)和樣品多路復(fù)用的工作,并將它們與直接檢測(cè)用于CRISPR篩選的單一指導(dǎo)RNA的能力結(jié)合起來(lái),”NYGC技術(shù)創(chuàng)新經(jīng)理Peter Smibert博士說(shuō)。新研究的實(shí)驗(yàn)室和相應(yīng)的作者。“ECCITE-seq中的單獨(dú)測(cè)量是模塊化的,因此研究人員可以選擇他們需要為他們提出的問題做出哪些測(cè)量,”他繼續(xù)道。

        “雖然我們已經(jīng)證明了這種方法在癌癥中的實(shí)用性,但它是一個(gè)可以應(yīng)用于一系列生物系統(tǒng)和疾病研究的平臺(tái)。隨著未來(lái)的發(fā)展,包括增加新的模式,我們看到ECCITE-seq和未來(lái)擴(kuò)展它的方法作為更好地審查個(gè)體細(xì)胞的基本工具,“Smibert博士解釋說(shuō)。

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