DNAnexus為玉米基因組的研究和分析提供動力
全球領先的基因組信息和數(shù)據(jù)管理,今天宣布的細節(jié)與Dawe實驗室從佐治亞大學合作,高度從愛荷華州立大學實驗室,并從冷泉港實驗室器皿的實驗室和美國農(nóng)業(yè)部(USDA),成功地完成新創(chuàng)玉米基因組組裝的人口,其中包括26個品種在美國找到。DNAnexus提供了一項交鑰匙服務，克服了由于玉米基因組的復雜性和可伸縮性的需要而帶來的挑戰(zhàn)，使組裝時間減少了350倍，參考基因組質(zhì)量的連續(xù)性提高了10倍。
這種合作意義重大，因為到本世紀末，據(jù)估計將有110多億人居住在地球上。氣候變化的影響，以及人口的增長，都需要基因農(nóng)業(yè)的改善，就像人類健康中的精準醫(yī)療一樣。玉米是世界上最重要的谷物，從產(chǎn)量上看，它是一種特別重要的作物，為了滿足日益增長的全球需求，必須了解玉米。
“我們利用DNAnexus和他們的xVantage小組幫助我們完成了玉米的種群水平基因組組裝，”美國農(nóng)業(yè)部農(nóng)業(yè)研究所(USDA ARS)和冷泉港實驗室(Cold Spring Harbor Laboratory)的科學家兼兼職教授多林·韋爾(Doreen Ware)博士說。“這個團隊真的為我們推進了前沿，讓我們能夠?qū)@個特別復雜的基因組進行規(guī)模和優(yōu)化，并利用多種技術來提供高質(zhì)量的參考裝配。”利用這一玉米基因組的新知識，研究人員可以進一步提高玉米產(chǎn)量、營養(yǎng)含量以及這種植物對氣候變化、害蟲和疾病的負面影響的抵抗力。
玉米基因組的裝配尤其復雜，因為這種植物的重復和轉(zhuǎn)座因子是不斷變化的。玉米基因組的大小與人類基因組相似，三分之二的玉米基因組由重復區(qū)域組成，這就需要大量的計算資源來進行精確的從頭組裝。利用Microsoft Azure上的DNAnexus，本次合作使用了多種測序和組裝技術，包括PacBio SMRT長讀技術、Illumina短讀技術和BioNano光學映射技術。
DNAnexus首席執(zhí)行官理查德•戴利(Richard Daly)表示:“這個玉米組裝項目是一個強有力的例子，說明了DNAnexus是如何被用來加速科學發(fā)現(xiàn)的。”“下一次綠色革命將由數(shù)據(jù)驅(qū)動。作為全球領先的基因組組裝服務商，我們感到非常自豪。
來自玉米大會的數(shù)據(jù)將在2019年1月12日至16日在加州圣地亞哥舉行的國際植物和動物基因組會議上公布。如需更多信息，請參會DNAnexus展位(227號)或在此了解更多信息。
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