NIST專利用于驗證小鼠細胞系的DNA方法
“一個錯誤的身份”可能會推動最新的間諜電影或犯罪小說的情節(jié),但這只是遺傳學家,腫瘤學家,藥物制造商和其他從事小鼠細胞系工作的人的故事,這是最常用的實驗室模型之一遺傳研究系統(tǒng)。由于實驗室技術(shù)差和人為錯誤而被污染或錯誤識別的細胞系導致研究不準確,出版物被收回并浪費資源。事實上,許多科學基金組織,如美國國立衛(wèi)生研究院,現(xiàn)在要求科學家在授予研究資助之前驗證其細胞系的特性和質(zhì)量。
為了應對這一挑戰(zhàn),美國國家標準與技術(shù)研究院(NIST)正在與合作伙伴合作設(shè)計工具,建立數(shù)據(jù)集,并進一步開發(fā)和標準化NIST的系統(tǒng),以驗證小鼠細胞系。這項努力的最初里程碑之一是最近授予的美國專利(第9,556,482號),該專利使用NIST鑒定的短串聯(lián)重復序列(STR)標記 - 在基因之間發(fā)現(xiàn)的DNA的微小重復片段 - 用于小鼠細胞系。該方法可用于驗證細胞系是否來自特定小鼠,法醫(yī)專家可以使用DNA證據(jù)確認人的身份。一旦即將完成STR標記的實驗室間測試,這將成為世界上第一個驗證小鼠細胞系認證的方法。
新的NIST認證方法使用非編碼的STR標記(即,不像基因那樣提供蛋白質(zhì)生產(chǎn)的指令)具有特定核苷酸堿基序列的DNA片段 - DNA的四個關(guān)鍵組分稱為腺嘌呤,胞嘧啶,鳥嘌呤和胸腺嘧啶。每個STR被認為是遺傳匹配的單獨標記,因為它重復的次數(shù)對于物種內(nèi)的個體是獨特的。例如,細胞系可以具有一個STR序列 - 例如GATA - 重復五次,另一個 - 例如GTAT六次,三次七次等等。如果另一個細胞系具有相同數(shù)量的相同STR序列的高百分比,則認為它們可能共享共同的祖先。
幾十年來,人們已經(jīng)記錄了錯誤鑒定的人類細胞系及其引起的破壞。例如,兩個受污染的細胞系負責在20世紀50年代末到60年代中期之間使大約7億美元的研究和大約7,000種出版物無效。國際細胞系認證委員會是一個監(jiān)測和提高認證問題意識的志愿者小組,目前在其數(shù)據(jù)庫中列出了近500種錯誤鑒定的人類細胞系。幸運的是,現(xiàn)在有標準和公共數(shù)據(jù)庫可供實驗室用于確認其人類細胞系的特性。
相比之下,NIST微生物學家Jamie Almeida表示,小鼠細胞系中的錯誤識別程度尚不清楚,目前還沒有對其進行鑒定的指導原則。
“這就是為什么NIST一直致力于STR標記的獨特,易于解釋和能夠區(qū)分不同的小鼠細胞系,”Almeida說。“此外,我們與生物材料管理和標準的全球領(lǐng)導者ATCC [以前的美國典型培養(yǎng)物保藏館]合作,進一步開發(fā)用于認證的STR技術(shù)并建立鼠標細胞系認證聯(lián)盟。該聯(lián)盟由已同意與NIST和ATCC合作,使用NIST識別的STR標記測試和驗證專利認證方法的組織。“
該聯(lián)盟還將創(chuàng)建一個共識標準,以統(tǒng)一如何跨實驗室進行身份驗證,并建立一個公共數(shù)據(jù)庫,定義哪些STR配置文件識別哪些小鼠細胞系。
“將來,我們希望將NIST鑒定的小鼠STR標記物和鑒定方法納入市售的檢測試劑盒中,”Almeida說。“擬議的試劑盒結(jié)合共識標準和細胞系數(shù)據(jù)庫,將為全世界的研究人員提供確保其小鼠細胞系特性所需的工具。”
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