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        新的軟件工具簡化了DNA序列設(shè)計和構(gòu)建過程
        
			
        
				2019-01-02 10:21:34
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        合成DNA使科學家們能夠擴展其基因組研究的廣度和深度。在這項研究中，來自美國能源部聯(lián)合基因組研究所(DOE JGI)的研究人員開發(fā)了一套構(gòu)建優(yōu)化軟件工具(BOOST)，以簡化合成生物學工程工作流程中的設(shè)計 - 構(gòu)建過渡。BOOST可以自動檢測“難”序列(核苷酸)并重新設(shè)計它們用于DNA合成，解決具有某些問題特征的DNA序列(例如，極端%GC，序列模式和重復(fù))，這降低了DNA合成的成功率。
        

        新的軟件工具簡化了DNA序列設(shè)計和構(gòu)建過程
        

        通過增強工具改進合成DNA 的設(shè)計和制造，科學家們可以加速基因發(fā)現(xiàn)和基因表征，以實現(xiàn)能源和環(huán)境的實際應(yīng)用。
        

        設(shè)計和制造合成DNA的能力為基因組研究開辟了巨大的可能性。除了提供難以發(fā)現(xiàn)的樣品(以及制作自然界中未知的基因組序列)之外，制造DNA還使科學家能夠在各種環(huán)境和環(huán)境中測試任何序列。BioCAD / CAM軟件工具可幫助研究人員設(shè)計對于發(fā)現(xiàn)能源和環(huán)境的新解決方案至關(guān)重要的序列，但到目前為止，該軟件還無法自動修復(fù)有問題的序列。這減緩了從設(shè)計到制造過程的過渡，延遲了設(shè)計DNA的合成。
        

        為了解決這個問題，美國能源部科學用戶設(shè)施辦公室DOE JGI的研究人員開發(fā)了一套構(gòu)建優(yōu)化軟件工具(BOOST)來自動化合成DNA設(shè)計過程 - 并取消了試錯過程科學家們目前利用它來確定可以合成的序列。
        

        “BOOST的目標是以可擴展的方式簡化設(shè)計易于合成的DNA片段的過程，”該團隊在2016年12月6日發(fā)表于ACS Synthetic Biology的論文中寫道，該論文詳述了BOOST的功能。這套工具可用作Web應(yīng)用程序，可執(zhí)行的JAVA Archive(JAR)以及RESTful API。最終，這將加速合成DNA的使用，以探索與DOE能源和環(huán)境任務(wù)相關(guān)的基因功能。
        
			

			
          
        
			
        
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