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        新的基因組學(xué)工具CITE-Seq可以對單個細(xì)胞進(jìn)行大規(guī)模的多維分析
        
			
        
				2018-12-24 10:36:39
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        由紐約基因組中心(NYGC)的科學(xué)家開發(fā)的一項新技術(shù)代表了單細(xì)胞RNA測序的重要一步，這是一個先進(jìn)的基因組學(xué)領(lǐng)域，可以提供對單個細(xì)胞的詳細(xì)見解，并可以區(qū)分不同的細(xì)胞類型和研究個體細(xì)胞水平的疾病機制。通過測序，CITE-seq或轉(zhuǎn)錄組和表位的細(xì)胞索引將表面蛋白標(biāo)記物的測量結(jié)合在數(shù)千個單細(xì)胞上，同時測序那些相同單細(xì)胞的信使RNA(mRNA或轉(zhuǎn)錄組)。
        

        新的基因組學(xué)工具CITE-Seq可以對單個細(xì)胞進(jìn)行大規(guī)模的多維分析
        

        NYGC研究人員對CITE-seq的概念驗證研究(今天發(fā)表在Nature Methods上)監(jiān)測了10種表面蛋白，以及8,000個單細(xì)胞的轉(zhuǎn)錄組，這是迄今為止多維單細(xì)胞分析的最大規(guī)模證明。
        

        “沒有其他方法可以同時測量相同規(guī)模的轉(zhuǎn)錄組和蛋白質(zhì)，”負(fù)責(zé)CITE-seq開發(fā)的NYGC技術(shù)創(chuàng)新實驗室研究科學(xué)家Marlon Stoeckius博士說。“CITE-seq增加了已建立的轉(zhuǎn)錄組分析方法，對所產(chǎn)生數(shù)據(jù)的質(zhì)量沒有任何不利影響。”
        

        先前的方法依賴于通過細(xì)胞計數(shù)捕獲單個細(xì)胞的蛋白質(zhì)信息，然后將這些細(xì)胞沉積到平板上用于單細(xì)胞RNA測序。目前的方法遭受低通量(可分析的細(xì)胞數(shù))并且限于相對少量的蛋白質(zhì)標(biāo)記物。
        

        CITE-seq的蛋白質(zhì)檢測組分基于DNA條形碼化抗體，其產(chǎn)生可測序的讀數(shù)，其與細(xì)胞的轉(zhuǎn)錄組一起被捕獲。CITE-seq生成的蛋白質(zhì)和RNA數(shù)據(jù)的整合需要定制數(shù)據(jù)分析，該分析是與NYGC核心教員Rahul Satija博士實驗室密切合作開發(fā)的。作為CITE-seq功效的一個例子，研究人員使用多模態(tài)數(shù)據(jù)來識別僅基于轉(zhuǎn)錄組難以區(qū)分的自然殺傷(NK)細(xì)胞的亞類。
        

        CITE-seq更精細(xì)地解剖細(xì)胞群的能力在臨床研究中具有許多潛在的應(yīng)用。“未來可能的一個方向是在腫瘤樣本中使用CITE-seq來檢查個體腫瘤細(xì)胞和浸潤腫瘤的不同免疫細(xì)胞庫。這種方法在腫瘤異質(zhì)性的深度表征和腫瘤的發(fā)展中非常有用。新的免疫治療方法，“Stoeckius博士說。
        
			

			
          
        
			
        
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