研究人員發(fā)現(xiàn)RNA-seq技術(shù)產(chǎn)生的數(shù)據(jù)經(jīng)常存在技術(shù)偏差
研究數(shù)據(jù)的可重現(xiàn)性是實驗生物學(xué)面臨的一大挑戰(zhàn)..隨著基因組規(guī)模技術(shù)產(chǎn)生的數(shù)據(jù)的復(fù)雜性增加,這一關(guān)切變得越來越令人擔(dān)憂。
RNA-seq是現(xiàn)代分子生物學(xué)中應(yīng)用最廣泛的方法之一,它允許在一次測試中同時測量給定樣品中所有基因的表達水平。特拉維夫大學(xué)一個小組的新研究發(fā)現(xiàn),RNA-seq技術(shù)產(chǎn)生的數(shù)據(jù)中經(jīng)常存在技術(shù)偏差,這往往導(dǎo)致錯誤的結(jié)果。
這項研究由Shir Mandelbaum博士、Zohar Manber博士、Orna Erroy-Stein博士和Dr進行。在TAU的Sackler醫(yī)學(xué)院和George S.Wise生命科學(xué)學(xué)院的Ran Elkon,并于11月12日在PLOS生物學(xué)上發(fā)表。
近幾年來,人們對生物學(xué)研究中的錯誤結(jié)果越來越感到震驚,有時被稱為重復(fù)性危機。這項研究強調(diào)對數(shù)據(jù)進行適當(dāng)?shù)慕y(tǒng)計處理的重要性,以減少誤導(dǎo)性調(diào)查結(jié)果的數(shù)量。
博士該研究的主要作者Ran Elkon
RNA-seq實驗的一個主要目標(biāo)是描述在不同條件下被激活或抑制的生物過程。研究人員分析了幾十個公開的RNA-seq數(shù)據(jù)集,以分析細胞對許多壓力的反應(yīng)。
在這項研究中,科學(xué)家們注意到,一組特別短或長的基因反復(fù)顯示了由給定基因的RNA轉(zhuǎn)錄本的明顯數(shù)量所測量的表達水平的變化。研究小組對這種反復(fù)出現(xiàn)的模式感到困惑,想知道它是否反映了不同觸發(fā)因素共同的一些普遍的生物反應(yīng),或者它是否源于某種實驗條件。
為了解決這個問題,他們比較了來自相同生物學(xué)條件的復(fù)制樣本。復(fù)制間基因表達的差異可以反映出與實驗興趣的生物因素?zé)o關(guān)的技術(shù)效應(yīng)。出乎意料的是,在復(fù)制之間的這些比較中觀察到了顯示表達水平變化的特別短或長基因的相同模式。研究人員說,這種模式是一種技術(shù)偏見的結(jié)果,這種偏見似乎與基因長度有關(guān)。
重要的是,TAU研究人員能夠展示他們在許多RNA-seq數(shù)據(jù)集中檢測到的長度偏差如何導(dǎo)致對特定生物功能的錯誤識別,作為對所測試條件的細胞反應(yīng)..
埃爾肯博士總結(jié)說:“這種對數(shù)據(jù)的誤解可能導(dǎo)致完全誤導(dǎo)的結(jié)論?!睂嶋H上,這項研究還顯示了如何從數(shù)據(jù)中消除這種偏見,從而過濾掉錯誤的結(jié)果,同時保留與生物相關(guān)的結(jié)果。
推薦內(nèi)容
-
地球最早的生命形態(tài)如何保護他們的基因
認為你的生活很艱難?想象一下,想要成為一個小小的細菌,試圖在一個年輕而荒涼的地球上站穩(wěn)腳跟。我們星球上最早的生命形式經(jīng)受了灼熱,紫
-
從一開始就考慮到產(chǎn)前沒有胎兒的情況
在此之前,醫(yī)生、遺傳學(xué)家在實驗室工作,因此,從遺傳學(xué)角度看,醫(yī)生對胎兒的理解是復(fù)雜的。 我們的總裁安東尼·r·格雷格先生, 近2-4...
-
AI即將覆蓋生活 vivo開發(fā)者大會速覽
5月15日,2019 vivo開發(fā)者大會在北京舉行。作為目前手機廠商中的先驅(qū)者之一,vivo在大會上面向開發(fā)者和合作伙伴發(fā)布了系統(tǒng)升級支持,開發(fā)
-
微生物經(jīng)濟中的悖論
微生物可以產(chǎn)生許多生存所需的代謝資源。但由于它們具有可滲透的細胞壁,這些資源可能會泄漏到周圍環(huán)境中。由于微生物通常生活在具有許...
-
去除植被后 可以減少河盲癥的傳播
世界衛(wèi)生組織設(shè)定了一個目標(biāo),到2030年消除盲目性疾病,這種盲目性疾病主要在快速流動的河流和小溪附近的非洲村莊發(fā)現(xiàn),這是一種被忽視的熱
-
自花受精的魚具有驚人的遺傳多樣性
就像奇怪的動物一樣,紅樹林的殺戮是屬于自己的一類。它在淡水和水中都很旺盛,鹽的含量是海洋的兩倍。它可以在陸地上長達兩個月,通過...
-
富馬酸替諾福韋二吡呋酯膠囊通過仿制藥質(zhì)量與療效一致性評價
富馬酸替諾福韋二吡呋酯膠囊通過仿制藥質(zhì)量與療效一致性評價12月4日,福建廣生堂藥業(yè)股份有限公司發(fā)布公告,稱其收到國家藥品監(jiān)督管理局核
-
創(chuàng)新藥企業(yè)的加減法
近日,一則新藥研發(fā)方面的新聞在朋友圈轉(zhuǎn)發(fā)頗多:上海醫(yī)藥發(fā)布公告,經(jīng)過審慎考量繼續(xù)開發(fā)藥物的投入風(fēng)險,決定終止與復(fù)旦張江合作研發(fā)...
-
酵素補充劑使小鼠保持年輕并延長壽命
由華盛頓大學(xué)醫(yī)學(xué)院領(lǐng)導(dǎo)的研究小組進行的研究發(fā)現(xiàn),在給年長的小鼠服用時,一種在小鼠和人類等動物的血液中循環(huán)的酶可以充當(dāng)青春藥,抑...
-
細菌攜帶內(nèi)部灰塵 可能對抗生素產(chǎn)生耐藥性
細菌通過我們的界面進入我們的家,或者通過空氣進入我們的家,但是一旦它們進入內(nèi)部,它們就可以將抗生素耐藥性的特征轉(zhuǎn)移到內(nèi)部灰塵中...