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        科學(xué)家以非常低的成本根據(jù)其DNA識(shí)別有害細(xì)菌
        
			
        
				2019-12-19 10:53:33
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			  來(lái)源：
			
        
		
        
				
		
        
			
        一種新的細(xì)菌鑒定方法，稱為ON-rep-seq，可檢查細(xì)菌基因組的選擇性，菌株特異性片段，從而產(chǎn)生較早的結(jié)果，而該結(jié)果需要對(duì)整個(gè)細(xì)菌基因組進(jìn)行DNA測(cè)序或諸如脈沖場(chǎng)凝膠電泳之類的乏味方法，以前一直是微生物菌株級(jí)分型的金標(biāo)準(zhǔn)。因此，該方法有可能通過(guò)減少分析的時(shí)間和成本消耗來(lái)改變用于調(diào)查基于食物的疾病暴發(fā)的方法。
        

        科學(xué)家以非常低的成本根據(jù)其DNA識(shí)別有害細(xì)菌
        

        如今，基于細(xì)菌DNA的細(xì)菌檢測(cè)和鑒定需要昂貴的儀器，并且需要訓(xùn)練有素的專家進(jìn)行數(shù)小時(shí)的工作。假設(shè)有一個(gè)懷疑的沙門(mén)氏菌爆發(fā)。通常，為了確定其起源，研究人員不僅要分析許多樣品，而且分析必須精確，以便將一種細(xì)菌菌株與另一種細(xì)菌菌株區(qū)分開(kāi)。
        

        這項(xiàng)研究的一位研究人員盧卡斯說(shuō)：“我們的新方法可以在不到兩個(gè)小時(shí)的時(shí)間內(nèi)識(shí)別和分類數(shù)百個(gè)樣本，我們希望在短時(shí)間內(nèi)可以將其減少到”實(shí)時(shí)”。丹麥哥本哈根大學(xué)食品科學(xué)系副教授Krych。
        

        該方法建立在用于太空DNA測(cè)序的設(shè)備上
        

        Lukasz Krych說(shuō)，這種新方法基于納米孔測(cè)序，它是一種新型的實(shí)時(shí)DNA測(cè)序方法，“肯定會(huì)徹底改變DNA測(cè)序的未來(lái)。”
        

        該研究項(xiàng)目是與波蘭公司GenXone SA合作進(jìn)行的，該公司幫助建立了生物信息學(xué)流水線，而該流水線對(duì)于快速，高效地分析測(cè)序數(shù)據(jù)是必需的。
        

        樣品制備后，將MinION設(shè)備裝載基因組片段，以從數(shù)百種細(xì)菌分離物中鑒定出細(xì)菌菌株。左：哥本哈根大學(xué)食品科學(xué)系副教授Lukasz Krych和博士后Josue L. Castro Mejia。圖片提供：哥本哈根大學(xué)食品科學(xué)系
        

        牛津納米孔技術(shù)有限公司提供的最小的測(cè)序儀，稱為MinION，是一款售價(jià)999美元的手持式USB供電設(shè)備，于2015年商用。一年后，它被帶到了國(guó)際空間站，在那里它實(shí)現(xiàn)了首次DNA測(cè)序。歷史上是在零重力條件下進(jìn)行的。盡管MinION提供了無(wú)可爭(zhēng)議的DNA測(cè)序革命，但很快就很清楚了該設(shè)備生成的數(shù)據(jù)由于測(cè)序錯(cuò)誤而仍然不完美，例如，盡管分析仍然相對(duì)昂貴(每個(gè)細(xì)菌約150美元)。
        

        具有快速和廉價(jià)分析的小型設(shè)備為食品安全提供了巨大的機(jī)會(huì)
        

        哥本哈根大學(xué)食品科學(xué)系的科學(xué)家們發(fā)現(xiàn)了一種利用這項(xiàng)技術(shù)一次分析數(shù)百種細(xì)菌的方法，將成本降低到每個(gè)細(xì)菌不到2美元，而同時(shí)將準(zhǔn)確性提高到了200多美元。 99%。
        

        “我們的方法既可以在食品安全組織內(nèi)使用，您可以在其中迅速找到引起疾病或促進(jìn)健康的細(xì)菌，也可以在衛(wèi)生部門(mén)中使用，因?yàn)槟梢赃M(jìn)行某些分析，而這些分析今天甚至沒(méi)有被考慮到，因?yàn)閭鹘y(tǒng)分析的價(jià)格和費(fèi)時(shí)的性質(zhì)，”研究背后的另一位研究人員Postdoc Josue Leonardo Castro Mejia說(shuō)。
        

        目前，有幾家公司測(cè)試該方法在其系統(tǒng)中實(shí)施，以建立針對(duì)數(shù)千種菌株的快速篩選程序。
        
			

			
          
        
			
        
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