我們?nèi)绾蜗嚓P(guān)比較容易找到基因家族的工作流程

在GigaScience上發(fā)布的開(kāi)源Galaxy工作流程使研究人員能夠更輕松地找到基因家族;在分析物種間基因的進(jìn)化，結(jié)構(gòu)和功能時(shí)，這是一個(gè)重要的工具。

共同作者Wilfried Haerty解釋了為什么這個(gè)工具對(duì)生物學(xué)家如此有用：“Earlham研究所開(kāi)發(fā)的軟件使科學(xué)家能夠使用靈活且可重復(fù)的管道研究感興趣的物種。我們的工作流程的性能評(píng)估了脊椎動(dòng)物的基因組組件。各種品質(zhì)(鴨嘴獸，豬，馬，狗，老鼠和人)。選擇該物種來(lái)評(píng)估基因組質(zhì)量對(duì)基因家族鑒定的影響。小鼠，狗和人類(lèi)基因組具有高質(zhì)量，而其他三個(gè)是不同的分析完成階段。“

基于并擴(kuò)展Ensembl現(xiàn)有的EnsemblCompara Gene Trees管道，GeneSeqToFamily工作流程刪除了該過(guò)程的許多復(fù)雜先決條件，例如必須使用命令行安裝大量單獨(dú)的工具，將整個(gè)過(guò)程轉(zhuǎn)換為Galaxy;一個(gè)更簡(jiǎn)單的平臺(tái)。

重要的是，工作流程可高度自定義，允許用戶(hù)選擇參數(shù)，更改工具并在自己的基因上運(yùn)行軟件，而無(wú)需使用Ensembl數(shù)據(jù)庫(kù)。

GeneSeqToFamily不僅僅是一個(gè)工作流程，還包含許多新的獨(dú)立Galaxy工具，包括TreeBeST，hcluster_sg，T-Coffee和ETE。該軟件由數(shù)據(jù)基礎(chǔ)設(shè)施集團(tuán)的Anil Thanki和Nicola Soranzo在EI開(kāi)發(fā)，使用一系列開(kāi)放平臺(tái)和數(shù)據(jù)庫(kù)，可以更輕松地查找和生成系統(tǒng)發(fā)育樹(shù)?？茖W(xué)程序員Anil Thanki說(shuō)：“我們很高興將我們的工作放在開(kāi)放領(lǐng)域，它允許生物學(xué)家和生物信息學(xué)家在一個(gè)簡(jiǎn)單的圖形用戶(hù)界面中使用Ensembl Compara GeneTrees Pipeline，并在需要時(shí)對(duì)其進(jìn)行修改。”

該團(tuán)隊(duì)希望新工作流程能夠幫助不熟悉使用Compara的復(fù)雜性的用戶(hù)能夠更輕松地分析系統(tǒng)發(fā)育數(shù)據(jù)集，同時(shí)在一個(gè)Galaxy工作流程中整理許多有用的基因家族工具。用戶(hù)可以選擇現(xiàn)有的Ensembl數(shù)據(jù)庫(kù)作為分析的參考集，也可以提供相同格式的數(shù)據(jù)，并提供可以提供幫助的工具。

Earlham Institute致力于提供支持，支持和開(kāi)發(fā)計(jì)算生物學(xué)和生命科學(xué)研究的工具和算法，Galaxy等項(xiàng)目幫助開(kāi)放獲取一系列科學(xué)工具和數(shù)據(jù)庫(kù)。

由Rob Davey博士領(lǐng)導(dǎo)的數(shù)據(jù)基礎(chǔ)設(shè)施小組也支持CyVerse UK和COPO等資源，與Galaxy一起，通過(guò)EI的國(guó)家能力，將計(jì)算資源的可用性和可用性擴(kuò)展到英國(guó)和國(guó)際上更廣泛的科學(xué)界。 -Infrastructure。

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