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        難以捉摸的有毒哺乳動物加入了基因組俱樂部
        
			
        
				2019-04-25 10:31:30
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        在開放獲取期刊GigaScience中，科學(xué)家們提出了一種類似小型sh like動物的基因組草圖，即有毒的Hispaniolan螺旋體(Solenodon paradoxus)。這個物種不同尋常，不僅因為它是極少數(shù)有毒的哺乳動物之一，它也是恐龍時代與其他食蟲動物分開的哺乳動物的唯一剩余分支。這種瀕危動物的基因組測序和分析由Mayagüez的波多黎各大學(xué)的Taras K. Oleksyk博士領(lǐng)導(dǎo)的國際小組進行。電磁閥基因組序列的可用性使研究人員能夠回答幾個進化問題，特別是在流星撞擊結(jié)束恐龍時能否存活的電磁閥物種。
        

        難以捉摸的有毒哺乳動物加入了基因組俱樂部
        

        作為唯一現(xiàn)存的有毒哺乳動物之一，電磁閥修飾了唾液腺，通過動物鋒利的門牙上的凹槽分泌有毒唾液(“電磁閥”來源于希臘語中的“帶槽牙”)。它們還具有其他幾種原始且非常不尋常的特征，適用于哺乳動物 - 非常大的爪子，帶有球窩關(guān)節(jié)的柔韌鼻子，以及位于其后部的奇怪定位的乳頭。雖然對哺乳動物的生命樹進行了大量研究，但這是與“基因組俱樂部”相關(guān)的最遠距離相關(guān)的分支。它對保護具有特別重要性和意義，因為形態(tài)測量研究表明，南部和北部的伊斯帕尼奧蘭電極管可能是亞種而不是單獨的物種。
        

        Solenodon在遺傳和地理上是孤立的。它們極度瀕臨滅絕，只留在加勒比群島古巴和伊斯帕尼奧拉島的幾個偏遠角落。它的夜間生活方式使它更難以捉摸，因此研究較少。因此，研究人員必須與InstitutoTecnológicodeSanto Domingo和UniversidadAutónomadeSanto Domingo的當?shù)貙＜乙约爱數(shù)貙?dǎo)游一起工作，他們幫助他們在晚上跟蹤和伏擊通過電磁閥。
        

        其中一位主要作者Juan Carlos Martinez-Cruzado博士說：“本地資源對于這類工作是絕對必要的。只有他們真正了解他們的動物的行為。這個項目可能為許多其他人打開大門，我們總是假設(shè)這將成為幫助多米尼加共和國的研究，教育和保護工作的眾多項目之一。“
        

        該項目不僅僅涉及獲取血液樣本生物的挑戰(zhàn);電磁操縱子基因組證明特別難以測序。在加勒比地區(qū)偏遠地區(qū)開展基因組學(xué)研究提出了挑戰(zhàn)，特別是在向?qū)嶒炇疫\輸高質(zhì)量DNA方面。由于DNA質(zhì)量差以及預(yù)算有限，進行測序的商業(yè)實驗室每個人的覆蓋率非常低。
        

        已經(jīng)冒險進入?yún)擦?，研究人員通過開發(fā)組裝基因組的新方法接受了這一新挑戰(zhàn)。首先，研究人員推斷，由于該物種已經(jīng)隔離存在了數(shù)千萬年，它是非常近交的，并且具有非常純合的基因組。這導(dǎo)致了潛在的解決方法，因為可以匯集五組收集的基因組數(shù)據(jù)以增加覆蓋率。盡管存在初步的疑慮，但這比預(yù)期更好，特別是當該策略與字符串圖方法相結(jié)合而不是更標準的de Brujn圖形組裝方法時。字符串圖包含比de Brujn圖更多的測序數(shù)據(jù)?；诖颂幍慕Y(jié)果，這種新技術(shù)為基因組提供了低預(yù)算的替代方案裝配，特別是在瀕危物種的高度純合的基因組中。
        

        該論文的第一作者Kirill Grigorev說：“對我而言，這項研究中最有趣的部分可能是提供適合比較基因組學(xué)的從頭基因組裝配的挑戰(zhàn)，使用的測序數(shù)據(jù)量遠小于在其他類似的項目中。“
        

        在進行組裝后，研究人員獲得了足夠質(zhì)量的數(shù)據(jù)，以回答有關(guān)電磁閥演變的許多科學(xué)問題。關(guān)于保護計劃，該數(shù)據(jù)??支持了至少30萬年前在Hispaniolan電磁閥內(nèi)存在亞種分裂的觀點，這意味著北部和南部種群應(yīng)被視為兩個獨立的保護單元，因此可能需要獨立的育種策略。
        

        這些數(shù)據(jù)還揭示了該分支的最初物種形成事件，并表明電磁閥可能與7360萬年前其他現(xiàn)存的哺乳動物不同。奧萊克西克博士說：“我們已經(jīng)確認了電磁閥的早期物種形成日期，因為在加勒比小行星受到小行星撞擊之后電磁閥是否確實在恐龍死亡中存活下來，正在進行辯論。”
        
			

			
          
        
			
        
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