德克薩斯西南醫(yī)學(xué)中心的專家說，那些花費(fèi)大量金錢來安排基因序列的孩子無法得到父母所期望的完整dna分析。

對(duì)美國實(shí)驗(yàn)室常規(guī)排列的三個(gè)主要樣本的整個(gè)外顯子組的臨床試驗(yàn)的回顧未能充分分析dna的大片段，這是一種潛在的關(guān)鍵缺陷，可能會(huì)阻止醫(yī)生準(zhǔn)確診斷從癲癇到癌癥等潛在遺傳疾病。

再分析顯示，平均每個(gè)德克薩斯大學(xué)西南部的實(shí)驗(yàn)室對(duì)不到四分之三的基因(34.6%、66%和69%)進(jìn)行了充分的檢測(cè)，而且在檢測(cè)特定疾病的能力上存在著驚人的巨大差異。

研究人員說，他們進(jìn)行這項(xiàng)研究的原因是，他們認(rèn)為測(cè)試質(zhì)量的巨大差異是臨床基因序列排列的地方病，但沒有得到很好的記錄，也沒有與臨床醫(yī)生分享。

許多要求進(jìn)行這些測(cè)試的醫(yī)生并不知道這種情況正在發(fā)生。他的許多病人都是患有神經(jīng)系統(tǒng)疾病的兒童，他們想要得到最全面的診斷測(cè)試。但他們沒有意識(shí)到，對(duì)整個(gè)外顯子序列進(jìn)行排序可能會(huì)遺漏一些更有針對(duì)性的基因測(cè)試可能會(huì)發(fā)現(xiàn)的東西。

賈森公園，醫(yī)學(xué)博士，西南德克薩斯大學(xué)病理學(xué)副教授

序列排列的整個(gè)外顯子組是一種分析生產(chǎn)基因的技術(shù)，它越來越多地用于醫(yī)療保健，以識(shí)別導(dǎo)致疾病的基因突變——主要是兒童，但也有罕見或未確診疾病的成年人。然而，該公園表示，分析一個(gè)外顯子體內(nèi)大約18000個(gè)基因的整個(gè)過程是困難和有偏見的固有忽視。大約一半的測(cè)試沒有發(fā)現(xiàn)突變。

發(fā)表在《臨床化學(xué)》(clinical chemistry)雜志上的這項(xiàng)新研究讓我們反思了為什么有些分析可能是陰性的。

研究人員重新分析了2012年至2016年間對(duì)患者進(jìn)行的36項(xiàng)外顯子組試驗(yàn)——在三個(gè)國家臨床實(shí)驗(yàn)室中，每個(gè)實(shí)驗(yàn)室都進(jìn)行了12項(xiàng)試驗(yàn)——結(jié)果和與基因完全分析的對(duì)比不一致。一個(gè)基因沒有被認(rèn)為是完全分析的，除非實(shí)驗(yàn)室找到一個(gè)行業(yè)接受的起點(diǎn)，對(duì)編碼蛋白質(zhì)的所有dna進(jìn)行適當(dāng)?shù)姆治觥?/p>

值得注意的是，在所有36個(gè)樣本中，只有不到1.5%的基因得到了充分的分析。一項(xiàng)對(duì)實(shí)驗(yàn)室測(cè)試的回顧顯示，28%的基因從未得到充分的檢測(cè)，只有5%的基因一直被覆蓋。另一個(gè)實(shí)驗(yàn)室一直覆蓋著27%的基因。

帕克說:“當(dāng)你開始考慮使用這些測(cè)試來診斷一種疾病時(shí)，事情就會(huì)變得非常糟糕。”“當(dāng)如此多的基因沒有得到充分分析時(shí)，外顯子的陰性結(jié)果是沒有意義的?！?/p>

例如，在36個(gè)測(cè)試中，根據(jù)分析的基因，檢測(cè)癲癇的可能性差別很大。一個(gè)實(shí)驗(yàn)室對(duì)患者進(jìn)行了幾次測(cè)試，檢查了四分之三以上與癲癇相關(guān)的基因，但同一實(shí)驗(yàn)室對(duì)另外三個(gè)患者樣本進(jìn)行了全面分析，其中不到40%的患者進(jìn)行了全面分析。

來自另一個(gè)實(shí)驗(yàn)室的三次測(cè)試下降了20%。

西南德克薩斯大學(xué)臨床遺傳學(xué)家、該研究的作者、醫(yī)學(xué)博士加勒特·戈特韋(Garrett Gotway)說:“當(dāng)我們看到這些數(shù)據(jù)時(shí)，我們經(jīng)常要求實(shí)驗(yàn)室提供特定基因的覆蓋范圍?！薄拔艺J(rèn)為你不能指望每次都能覆蓋18000個(gè)基因，但只能指望90%或更多?！?/p>

在之前的研究基礎(chǔ)上，它顯示了整個(gè)基因組的差異和類似的差異，它排列成序列，這是一種檢查所有類型基因的結(jié)果技術(shù)，盡管它們產(chǎn)生蛋白質(zhì)。

Gotway說，他希望這些結(jié)果將提醒更多的醫(yī)生詢問實(shí)驗(yàn)室哪些基因被覆蓋，并提高測(cè)試質(zhì)量的一致性。它還鼓勵(lì)醫(yī)生——甚至在要求測(cè)試之前——考慮是否對(duì)患者來說，完整的外顯子序列是最好的方法。

Gotway說:“臨床外泌液在復(fù)雜的病例中可能有用，但如果孩子患有癲癇，而且沒有其他復(fù)雜的臨床問題，你可能不需要它?！薄坝幸环N可以接受的可能性是，外顯子體檢測(cè)結(jié)果為陰性，父母仍然想知道孩子患病的遺傳基礎(chǔ)?！?/p>

在這種情況下，Gotway建議要求進(jìn)行一項(xiàng)較小的基因測(cè)試，徹底分析與這種疾病相關(guān)的一組基因。他說它們更便宜，可能只是為了幫助醫(yī)生找到答案。