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        開(kāi)發(fā)了導(dǎo)致菌株差異的近交小鼠蛋白質(zhì)數(shù)據(jù)庫(kù)
        
			
        
				2019-06-04 09:22:24
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        與比利時(shí)幾家機(jī)構(gòu)有關(guān)的三位研究人員開(kāi)發(fā)了一種生物信息學(xué)工具，可以將36種近交小鼠品系的蛋白質(zhì)編碼基因與C57BL / 6J菌株進(jìn)行比較。在他們發(fā)表在美國(guó)國(guó)家科學(xué)院院刊上的論文中，Steven Timmermans，Marc Van Montagu和Claude Libert描述了該工具，他們使用它創(chuàng)建的數(shù)據(jù)庫(kù)以及其他研究人員的應(yīng)用程序。
        

        開(kāi)發(fā)了導(dǎo)致菌株差異的近交小鼠蛋白質(zhì)數(shù)據(jù)庫(kù)
        

        科學(xué)家利用老鼠來(lái)測(cè)試的想法，無(wú)論是行為或身體，但與這個(gè)新的工作筆記，研究人員，不是所有的毒株特定物種的小鼠是相同的。例如，一種常見(jiàn)菌株中的基因突變可導(dǎo)致結(jié)腸息肉，而另一種菌株中的相同突變則不會(huì)。當(dāng)研究人員選擇一種小鼠進(jìn)行實(shí)驗(yàn)時(shí)，未能解釋這些特征可能會(huì)導(dǎo)致問(wèn)題。為了解決這個(gè)問(wèn)題，Timmermans，Van Montagu和Libert開(kāi)發(fā)了一種工具來(lái)識(shí)別標(biāo)準(zhǔn)菌株和其他36種菌株之間的差異。然后，他們使用該工具對(duì)數(shù)據(jù)庫(kù)中已知的差異進(jìn)行編目，這些差異可供其他研究人員訪問(wèn)。
        

        研究人員選擇C57BL / 6J作為比較菌株，因?yàn)樗堑谝粋€(gè)測(cè)序的。此后，數(shù)據(jù)庫(kù)中出現(xiàn)的其他36種菌株也進(jìn)行了測(cè)序。他們開(kāi)發(fā)的工具本質(zhì)上是一種技術(shù)，用于利用有關(guān)測(cè)序區(qū)域的可用信息，查看編碼區(qū)域，計(jì)算變異它們，然后將DNA密碼子翻譯成各自的氨基酸序列 - 這樣可以預(yù)測(cè)基因會(huì)影響哪些突變產(chǎn)生的蛋白質(zhì)。將這些結(jié)果與通過(guò)其他研究獲得的其他已知信息一起輸入數(shù)據(jù)庫(kù)。
        

        正如團(tuán)隊(duì)所指出的那樣，數(shù)據(jù)庫(kù)中的大部分信息已經(jīng)公開(kāi)發(fā)布了一段時(shí)間，但不幸的是研究人員，而不是一個(gè)地方 - 他們不得不做很多工作來(lái)確保他們沒(méi)有選擇不合適的應(yīng)變?yōu)樗麄兊挠?jì)劃工作?，F(xiàn)在，他們所要做的就是搜索單個(gè)數(shù)據(jù)庫(kù)，只有在找到新發(fā)現(xiàn)時(shí)添加更多數(shù)據(jù)，結(jié)果才會(huì)得到改善。希望數(shù)據(jù)庫(kù)能夠緩解并因此改進(jìn)實(shí)驗(yàn)設(shè)計(jì)，從而產(chǎn)生更好的結(jié)果。
        
			

			
          
        
			
        
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