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        鄰居地圖揭示了基因組的三維形狀
        
			
        
				2019-01-11 11:04:23
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        由SISSA Trieste協(xié)調(diào)的一個(gè)小組建立了人類基因組的三維計(jì)算機(jī)模型。DNA的形狀(及其序列)影響生物過程，對(duì)于理解其功能至關(guān)重要。該研究提供了人類基因組的近似但現(xiàn)實(shí)的三維識(shí)別。隨著新的實(shí)驗(yàn)數(shù)據(jù)的出現(xiàn)，基于實(shí)驗(yàn)信息和統(tǒng)計(jì)方法得到的結(jié)構(gòu)重建將得到改進(jìn)。該研究發(fā)表在科學(xué)報(bào)告中。
        

        鄰居地圖揭示了基因組的三維形狀
        

        基因組測(cè)序是現(xiàn)代生物學(xué)的一個(gè)里程碑，它允許獲得有機(jī)體發(fā)育和功能的整個(gè)基因序列。對(duì)基因組進(jìn)行測(cè)序有點(diǎn)像寫下項(xiàng)鏈中珠子顏色的確切順序 - 知道它們沿著線程排列的方式?jīng)]有給出關(guān)于項(xiàng)鏈形狀的指示。鑒于染色體松散地排列在細(xì)胞核中明顯混亂的纏結(jié)中，DNA鏈的形狀可能是高度復(fù)雜的。由于染色體的形狀可能對(duì)其功能具有決定性作用，因此重要的是它應(yīng)該被表征，部分原因是因?yàn)榭茖W(xué)家們認(rèn)為細(xì)胞核中的DNA纏結(jié)只是顯然是混亂的，而是每個(gè)都有一個(gè)特定的“地理”。組織和細(xì)胞生命階段。
        

        “不幸的是，準(zhǔn)確描述DNA纏結(jié)的形狀是非常復(fù)雜的，”SISSA教授兼新研究協(xié)調(diào)員Cristian Micheletti解釋道。“在我們的案例中，我們使用'鄰近對(duì)'的實(shí)驗(yàn)數(shù)據(jù)。”
        

        “想象一下，必須根據(jù)諸如'郵局對(duì)面的郵局'這樣的信息創(chuàng)建一個(gè)城市地圖，'化學(xué)家靠近健身房'，'水果和蔬菜市場(chǎng)就在足球場(chǎng)附近'，等等如果你只有少量的這樣的陳述，你的地圖將是近似的，在某些情況下是不確定的。但如果你有數(shù)百，數(shù)千甚至更多，那么你的地圖將變得越來越精確和準(zhǔn)確。是我們遵循的邏輯。“
        

        因此，“接近對(duì)”指的是關(guān)于地圖上兩點(diǎn)的接近度的信息。在核DNA的情況下，這一信息是由北美研究小組在2010年開發(fā)的一種稱為Hi-C的技術(shù)提供的。在這種化學(xué) - 物理技術(shù)中，核中位于彼此附近的一些基因組被捆綁在一起并按順序識(shí)別。通過收集大量這些鄰近對(duì)，科學(xué)家發(fā)現(xiàn)染色體的哪些點(diǎn)在細(xì)胞核中彼此靠近。雖然這是目前用于研究細(xì)胞核中 DNA組織的最有效技術(shù)，但它仍然不足以推斷其整體形狀。“出于這個(gè)原因，我們認(rèn)為我們會(huì)嘗試更進(jìn)一步，”Micheletti說。
        
			

			
          
        
			
        
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