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        全基因組測序確定了人畜共患流行的原因
        
			
        
				2019-06-05 09:22:31
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        研究人員首次使用全基因組測序來確定引發(fā)全國流行病的人畜共患病的原因。在本周發(fā)表于美國微生物學(xué)會(huì)開放獲取期刊mBio的一項(xiàng)研究中，研究人員描述了他們使用全基因組測序來確定幾年前在冰島肆虐一群本地馬的呼吸道疾病的原因。 。
        

        全基因組測序確定了人畜共患流行的原因
        

        “我們的研究表明，您可以使用基因組測序來判斷地方性菌株的流行病毒株，”英國薩福克郡動(dòng)物健康信托基金細(xì)菌學(xué)研究主任Andrew Waller博士說。
        

        冰島馬的人口是地理位置偏僻，從在第九和第十世紀(jì)定居者引入動(dòng)物產(chǎn)生。在過去的一千年里，幾乎沒有馬進(jìn)口過。這種隔離使冰島馬免于最常見的傳染性馬疾病。2010年，一種不明原因的呼吸道疾病傳播到冰島幾乎所有77,000頭本地馬的人口中。該疾病涉及咳嗽，鼻涕和高發(fā)病率。沃勒博士說：“冰島非常擔(dān)心造成這種情況的原因是他們停止向世界其他地區(qū)出口馬匹。”“它對經(jīng)濟(jì)產(chǎn)生了重大影響，因?yàn)樗鼈兠磕攴敝澈弯N售大量馬匹。”
        

        雷克雅未克大學(xué)的一個(gè)科學(xué)家小組進(jìn)行了微生物調(diào)查并排除了已知的病毒制劑，但從幾乎所有從咳嗽馬和偶爾致命病例的病變組織中取出的鼻拭子中鑒定出革蘭氏陽性細(xì)菌Streptococcus zooepidemicus。細(xì)菌通常從健康的馬中分離出來并被廣泛認(rèn)為是共生的，但由于它在爆發(fā)期間無處不在，研究人員開始認(rèn)為它可能是罪魁禍?zhǔn)住?/p>

        威康信托桑格研究所的科學(xué)家對305株獸疫鏈球菌進(jìn)行了全基因組測序：257例來自流行病，包括100匹馬，兩只貓，一只狗和三只人。他們將最近的分離株與來自七匹馬，兩只綿羊和一只狗的10個(gè)存檔的S. zooepidemicus菌株進(jìn)行了比較，以深入了解來自冰島的S. zooepidemicus歷史分離物的特性，以及38個(gè)分離株，這代表了更廣泛的種群多樣性冰島以外的細(xì)菌。
        

        在流行期間恢復(fù)的大部分S. zooepidemicus菌株分為四個(gè)不同的進(jìn)化枝。沃勒博士說：“ST209很可能對疫情負(fù)責(zé)。”流行性ST209株也從一只貓和一名流產(chǎn)的冰島婦女的血液樣本中回收。
        

        受影響農(nóng)場的網(wǎng)絡(luò)分析確定了一個(gè)共同的訓(xùn)練場作為主要的傳播中心，并展示了一種新型菌株如何通過缺乏足夠的交叉保護(hù)性免疫的易感種群迅速傳播，盡管伴隨著地方性菌株的定植背景。在這個(gè)院子里，最常見的流行病傳播途徑是馬匹每天使用的水上跑步機(jī)，不含消毒劑，每周更換一次或兩次。這為訪問馬匹之間傳播S. zooepidemicus提供了理想的條件。添加氯以及定期清潔和消毒水上跑步機(jī)可以通過這種途徑最小化或消除S. zooepidemicus或其他感染因子的傳播。
        

        此前，研究人員使用全基因組測序來確定細(xì)菌如何通過醫(yī)院傳播，但這是該技術(shù)首次用于追蹤人畜共患疾病的爆發(fā)。“這項(xiàng)研究使我們能夠確定哪些菌株是冰島馬口通常存在并且是流行這是造成問題，這是非常新菌株，”沃勒博士說。“很高興能夠證明這種特殊菌株在整個(gè)群體中如此迅速地傳播，據(jù)我們所知，在使用全基因組測序之前尚未完成。”
        
			

			
          
        
			
        
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