破譯進化生物學的新工具
理解進化是生物學的基石之一 - 事實上,進化是生命在地球上多樣性的唯一解釋?;诘鞍踪|的進化,研究人員可以通過遺傳變化解釋新物種和功能的出現(xiàn),如何設計具有新功能的酶,或者例如人類如何與其最親近的親屬如大猩猩或倭黑猩猩相關。
進化研究的一種流行方法是使用計算機輔助生物信息學工具比較基因組數(shù)據(jù)。使用這些方法的科學家可以比較特定的蛋白質,這些蛋白質由20種通用構建塊組成,稱為氨基酸。用于研究單個蛋白質進化的生物信息學工具假設蛋白質不同區(qū)域進化的速度可以用統(tǒng)計分布建模,其形狀由單個變量確定。
“然而,這種假設并不反映現(xiàn)實,它可能導致大部分有偏見的系統(tǒng)發(fā)育結果在過去二十年左右發(fā)表,”來自綜合生物信息學中心(CIBIV)的Minh Quang Bui解釋說。該研究的共同作者。
一種新算法可以深入了解蛋白質的進化
Max F. Perutz實驗室(MFPL)組長Arndt von Haeseler和澳大利亞國立大學的Lars Jermiin現(xiàn)在已經找到了一種革命性的方法,可以將不同的進化速率實施到生物信息學模型中。
專家們都知道,流行的方法可能無法捕捉蛋白質進化的復雜性。然而,使用更逼真的模型的計算成本高得令人無法接受。“我們現(xiàn)在開發(fā)了一種快速算法,使我們以前無法深入了解蛋白質進化 - 新工具可能會對各種研究領域產生巨大影響,包括病原體的進化和農業(yè)害蟲的傳播,”杰米敏說。
新計劃ModelFinder將允許對進化過程進行更準確的科學估計。這種對進化的更深入理解將有助于我們更接近地揭開神秘面紗,這些神秘事物對我們星球上的巨大多樣性負有責任。
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