魚類,兩棲動物和爬行動物中的DNA“化石”揭示了逆轉錄病毒的深層次多樣性
根據中國南京師范大學的Xiaoyu Xu及其同事在PLOS病原體中提出的新研究,逆轉錄病毒是一種廣泛的感染人類和其他脊椎動物的病毒,其多樣性比以前認為的要大得多。
逆轉錄病毒包括HIV和其他在許多不同脊椎動物物種中引起疾病??的病毒。大多數逆轉錄病毒研究都集中在哺乳動物和鳥類,但逆轉錄病毒也會感染許多其他脊椎動物。因此,逆轉錄病毒的總體多樣性和深度進化史一直是模糊的。
為了提高對逆轉錄病毒的認識,Xu及其同事研究了脊椎動物DNA中的分子“化石”。這些“化石”可能來自逆轉錄病毒的正常感染周期:逆轉錄病毒將其遺傳信息存儲在RNA中,但當它們感染脊椎動物細胞時,它們將其RNA轉錄成整合到宿主基因組中的DNA。如果這發(fā)生在脊椎動物的生殖細胞中,病毒代碼可以保存并通過許多代傳遞給后代。保存的遺傳密碼被稱為內源性逆轉錄病毒。
研究人員在72種魚類,4種兩棲動物和16種爬行動物的基因組中尋找并分析了內源性逆轉錄病毒。他們鑒定了超過8,000種內源性逆轉錄病毒,并能夠重建其中約450種的全部或部分基因組。這些發(fā)現極大地擴展了已知的逆轉錄病毒的數量,并表明今天在非禽/哺乳動物宿主之間傳播的非內源性逆轉錄病毒的多樣性可能遠遠超過目前的想象。
基因組的系統(tǒng)發(fā)育分析表明,在它們的進化過程中,許多非禽/哺乳動物逆轉錄病毒經常從一種優(yōu)選的宿主物種轉變?yōu)榱硪环N。分析還表明,逆轉錄病毒經常在水和陸地物種之間傳播,這表明多種水生進化起源。
本研究中的92種脊椎動物僅占非鳥類/哺乳動物脊椎動物多樣性的約0.2%,因此很可能還有更多的內源性逆轉錄病毒未被發(fā)現。揭示其多樣性和進化歷史可以幫助預測,預防和減少逆轉錄病毒爆發(fā)的持續(xù)努力。
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