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        用于再生研究的新版RNA-Seq
        
			
        
				2019-03-28 09:29:42
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        來自植物(如枝或葉)的組織可以生長，形成一種全新的植物。這種再生能力是食品生產(chǎn)和未來醫(yī)學(xué)的夢(mèng)想，負(fù)責(zé)植物再生的基因可以提供對(duì)具有相同潛力的人類基因的見解。一項(xiàng)新的研究上周發(fā)表核酸研究已經(jīng)呈現(xiàn)單細(xì)胞RNA測(cè)序的新版本改進(jìn)的再生研究(scRNA-SEQ)稱為單細(xì)胞的數(shù)字基因表達(dá)(1cell-DGE)。
        

        用于再生研究的新版RNA-Seq
        

        到目前為止，幾乎所有的scRNA-seq方法都依賴于從單個(gè)細(xì)胞中獲得RNA，該細(xì)胞在酶和機(jī)械上與生物體中的組織分離。然而，大部分細(xì)胞行為取決于細(xì)胞如何與其他細(xì)胞相互作用。
        

        “位置信息在細(xì)胞行為中非常重要，因?yàn)榻佑|細(xì)胞會(huì)相互發(fā)送信號(hào)。這些信息可能會(huì)在隔離過程中丟失，“NAIST的第一作者M(jìn)inoru Kubo解釋道。
        

        該位置信息對(duì)于決定哪些細(xì)胞開始再生以及哪種細(xì)胞不在細(xì)胞樣品中具有重要意義。因此，研究人員設(shè)計(jì)了一種方法，在這種方法中，他們可以從完整組織中的個(gè)體活細(xì)胞中提取含有RNA的細(xì)胞核，而不會(huì)影響位置信息。
        

        “我們使用這些數(shù)據(jù)來計(jì)算偽時(shí)間，”久保解釋道。“Pseudotimes基于基因表達(dá)譜估計(jì)細(xì)胞發(fā)育和分化之間的轉(zhuǎn)變。”為了驗(yàn)證1cell-DGE，科學(xué)家將其應(yīng)用于Physcomitrella專利，這是一種苔蘚植物，其再生特性已得到很好的證實(shí)。Kubo及其同事使用商業(yè)顯微操縱器從切除的葉子中的單個(gè)細(xì)胞中提取含RNA的細(xì)胞核，然后使用獨(dú)特的分子標(biāo)識(shí)符制備cDNA文庫以標(biāo)記用于1cell-DGE分析的原始RNA。使用這種技術(shù)，他們?cè)谇谐罅⒓磸囊唤M細(xì)胞中觀察RNA，然后在一天后從另一組細(xì)胞中觀察。
        

        偽時(shí)分析顯示，24小時(shí)負(fù)責(zé)再生的幾個(gè)基因的表達(dá)可以分成兩組，表明細(xì)胞再生能力的異質(zhì)性。
        

        “不同的再生標(biāo)記可以反映葉片切除中細(xì)胞的位置，”Kubo指出，證明了1cell-DGE保留位置信息及其對(duì)研究再生的重要性。
        

        在這個(gè)階段，提取RNA的顯微操作必須手動(dòng)完成，但Kubo認(rèn)為自動(dòng)化這一步驟可以使1cell-DGE成為研究基因表達(dá)依賴于細(xì)胞位置的標(biāo)準(zhǔn)工具。
        
			

			
          
        
			
        
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