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        推進神秘水的描述以改善藥物設(shè)計

        與水的相互作用決定了藥物分子如何與靶標結(jié)合,但是對這些相互作用建模很困難,限制了藥物設(shè)計的準確性。在AIP出版社的“化學(xué)物理學(xué)報”最近的一篇論文中,來自加州理工學(xué)院的William A. Goddard III和Saber Naserifar描述了他們建立水的新描述的新方法(稱為力場)并展示了它準確性。

        推進神秘水的描述以改善藥物設(shè)計

        化學(xué)和應(yīng)用物理學(xué)教授戈達德對結(jié)果感到“驚訝”。“我們得到的描述幾乎適合所有水的屬性,令人難以置信的準確,遠遠優(yōu)于以往任何力場,”他說。

        量子力學(xué)只能準確描述小型系統(tǒng),因此我們對液態(tài)水的理解依賴于使用力場的模擬。盡管經(jīng)過數(shù)十年的努力,目前的力場并未同時描述水的所有屬性。“一個力場可能會給出正確的密度和水的蒸發(fā),但可能與熔點相差100度,”戈達德說。“這聽起來很糟糕,但這都是我們所擁有的。”

        這些不完整的模型限制了藥物設(shè)計,限制了我們對工業(yè)溶劑反應(yīng)的理解,促使科學(xué)家們研究了一些水的異常特征。例如,有人提出,當水過冷到低溫時,它可能同時存在高密度和低密度液體,如果有足夠的水力場可以理解得更好。

        與以前的力場不同,戈達德和Naserifar專注于模擬水的個體相互作用。工作“向后”,他們首先考慮長距離相互作用,然后增加電荷和極化動力學(xué)。戈達德說:“以前的力場不允許收費,這是一個重要的進步。” 此外,對于強氫鍵,該團隊利用最近發(fā)布的,高度準確的水二聚體計算。

        “我們單獨使用高質(zhì)量的量子力學(xué)來進行每次相互作用 - 遠程,短程,氫鍵,極化 - 將它們放在一起,進行測試,發(fā)現(xiàn)它非常準確,”戈達德說。“預(yù)測0.2開爾文內(nèi)液體的熔點......這是聞所未聞的!”

        他們的新力場僅在一個屬性上失敗:計算粒子擴散的速度或擴散常數(shù)。Goddard和Naserifar對這種不規(guī)則性感到“困惑”,但仍對他們的力場取得的成就感到興奮。他們熱衷于用它來研究水的異常性質(zhì),看看它是否能提高藥物設(shè)計的準確性。

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