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        推進新工具填補微生物生命之樹
        
			
        
				2018-12-31 09:15:52
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			  來源：
			
        
		
        
				
		
        
			
        用來自柯勒律治的“古代水手的霧”的一段著名段落來解釋：微生物，微生物無處不在，盡管我們大多數(shù)人都不知道。但這種情況正在發(fā)生變化。
        

        推進新工具填補微生物生命之樹
        

        在11月6日在雜志上發(fā)表觀點件科學，埃迪·魯賓，能源聯(lián)合基因組研究所(DOE JGI)，一個美國能源部科學辦公室的用戶設施，美系的主任與微生物項目負責人一起塔尼婭Woyke，討論了為什么時間是否應用基因組技術來發(fā)現(xiàn)地球上的新生命。從這個角度來看，他們提出將地球上的微生物生命分為三類：探索，未探索和未發(fā)現(xiàn)。第一種可以在實驗室中種植。第二種方法包括來自環(huán)境樣品的未經培養(yǎng)的生物，這些生物只能通過其分子特征來識別。第三個是觀點的焦點，是迄今尚未被發(fā)現(xiàn)的生活，直到現(xiàn)在還沒有被發(fā)現(xiàn)。
        

        “我們準備發(fā)現(xiàn)新生活”
        

        “我們已經蓄勢待發(fā)，擁有強大的基因組技術的新工具包，可以生成和挖掘越來越大的數(shù)據(jù)集，以發(fā)現(xiàn)可能與我們目前編目的新生命截然不同的新生活，”魯賓說。“大自然一直在修補生命至少30億年，我們現(xiàn)在有了一套新的方式去尋找迄今為止尚未找到發(fā)現(xiàn)的新生活。”
        

        “原則上，環(huán)境DNA和RNA樣本的大規(guī)模宏基因組測序應該從可以提取核酸的任何實體產生序列數(shù)據(jù)，”Rubin指出。“對這些數(shù)據(jù)進行分析以識別以前定義的生命周期的異常值，這是探索未知生命的有力手段。”
        

        此外，Rubin指出微流體和細胞分選方法的單細胞測序的出現(xiàn)，專門針對缺乏與先前鑒定的基因匹配的基因的細胞，作為尋找全新生物體的另一種方法。
        

        “我們還需要選擇特別合適的環(huán)境利基，以便我們不僅僅是在”路燈下“ - 在我們之前已經研究過的環(huán)境中。”
        

        魯賓提出了發(fā)現(xiàn)新生活的目標，包括極端，荒涼和孤立的環(huán)境，這些環(huán)境有望成為早期生活的首選利基，可能會受到更多現(xiàn)代微生物競爭者的影響。這將包括低氧地下站點，其環(huán)境條件早于大氧化事件發(fā)生在大約23億年前，當時大氣層從非常低的氧濃度變?yōu)楦哐鯘舛取ＶС止铝⒌牡脱醐h(huán)境可能是早年生活的首選利基的觀點來自觀察到地殼內部深處的厭氧生態(tài)位往往在生命領域內擁有古老的分支。
        

        是否存在第四個生命領域?
        

        魯賓說，探索地球上的微生物多樣性并不缺乏機會。“正在考慮從事職業(yè)生涯的學生可以很好地加入21世紀的制圖師隊伍，他們像DOE JGI用戶社區(qū)一樣，正在解釋基因組學和其他高級組學工具所產生的坐標，以映射地球的代謝潛力。”
        

        在構成美國能源部JGI基因組計劃綱要的數(shù)千個環(huán)境測序目標中，有些反映了古代水手隊在船舶航行中遇到的挑戰(zhàn)：“受寒風襲擊南極的風暴; 到大太平洋的熱帶緯度; 還有那些奇怪的東西。“
        

        魯賓表示，探索“未被發(fā)現(xiàn)的”分類有望為豐富公共數(shù)據(jù)門戶帶來福音。他還指出，潛伏在這些困難的人中很可能是發(fā)現(xiàn)生命的“第四領域”，一個合理的水手，無論是古代還是現(xiàn)代，都可能宣稱“全速前進”。
        
			

			
          
        
			
        
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